政治大學以「學術發展基金會」名義，接受各界受贈之捐款，這些款項未列入校務基金，更無須扣除校務基金的管理費，受捐贈的單位可直接請款，形同另設「小金庫」。
根據政大學術發展基金會網站，政大校方成立「財團法人學術發展基金會」，其董事長、組織人員由學校行政人員擔任現任董事長，即為政大校長周行一，董事皆為政大校內教職員、行政官員或前任校長，如張京育為第九任校長，鄭丁旺為第十任校長，張昌吉為現任副校長，寇建文為現任主任秘書，且地點位於政大校內行政大樓。但此基金會的運作與校務分別獨立。
自2006年起，政大學術發展基金會開始接受各界捐款，網站上詳列捐款日期、捐款者、金額與項目，大多數捐款有指定為特定專款，少數小額捐款無指定用途。根據網站「捐款芳名錄」公布，103年度此基金會受贈金額高達1086萬，捐款者以社團法人台灣非營利事業經營管理協會、保險及金融公司為主，接受款項者多為NPO-EMBA平台計畫、風險與保險研究中心。
教育部的《國立大學校院校務基金設置條例》規定：「國立大學校院一切收支均應納入校務基金，依法辦理。」但此基金會與政大為分別獨立的單位，因此社會各界對基金會的捐款，未進入政大校務基金，且基金會捐款用途涵蓋學術研究活動、學生獎助金等，與《國立大學校院校務基金設置條例》規定之校務基金用途相同。
政大校務會議前學生代表林奕志指出，此基金會雖與政大獨立，但其實都是針對政大的捐款流入，且基金會人員與校方決策高層重疊，校方卻不用為基金會運作負責。這種校方有權卻無責的運作方式，難免遭人非議。
面對這些質疑，基金會回應，基金會是獨立的單位，獨立接受各界捐款，但捐款者仍希望款項能用於幫助學生，因此政大單位能向基金會申請款項。至於捐款者為何捐給基金會，而非直接捐給政大校方，基金會表示這是捐款者的選擇，他們無從得知。
另外，基金會曾在2013年爆出會計方榆柔侵吞公款1400萬元，當時方榆柔為政大秘書處行政助理兼任學術發展基金會會計。
