前行政院副院長、有民進黨「永遠的秘書長」之稱的邱義仁，於2014年8月被控於2008年卸任行政院副院長後，將國防部長蔡明憲交付的軍事機密文件帶回家，2人皆遭高檢署依違反《國家機密保護法》起訴，高院31日宣判邱義仁、蔡明憲無罪，全案仍可上訴。
最高檢察署特偵組偵辦前總統陳水扁貪汙案，為追查消失的公文，搜索邱義仁住家並查扣多份文件，發現其中1份為軍事機密文件，全案轉交具管轄權的台灣高檢署偵辦。
據檢察官調查，在邱義仁慣用的桌子抽屜中，找到此蓋有「密」字的文件，但邱義仁面對檢方偵辦時表示，這只是普通公文，並非機密文件。而時任國防部長蔡明憲說明，2人時有業務往來，因認定此文件不涉及機密，故交付此文件給時任行政院副院長邱義仁。
31日，高院宣判邱義仁、蔡明憲無罪，全案仍可上訴，邱義仁及蔡明憲均未出庭聆判，因此案涉及機密，台灣高等法院審理本案期間，不公開審理。
邱義仁被外界視為民進黨2016大選的助選大將，他自日本擔任大學客座教授後返台後，便頻頻現身民進黨活動。據傳蔡英文多次透過人傳話，盼邱能回來助戰，外界預料其將在選戰中擔任重要操盤工作，甚至可能出任競選總幹事一職。
