「九合一大選」民進黨慘敗，行政院長賴清德在24日傍晚9點透過臉書宣布請辭，但蔡英文總統記者會在10分鐘後的記者會上，旋即要求賴揆繼續留任，賴揆表示，他昨日下午與蔡總統會談，「最後決定留下來繼續努力，希望行政院政務推動不中斷」，針對本次選舉民進黨在農業縣市慘敗，是否代表農業政策必須調整，賴清德直言，「像這樣敗選，要檢討很多，恐怕不會只有農業政策。」
賴清德今天與行政院秘書長卓榮泰、行政院發言人Kolas Yotaka共同召開記者會，他首先針對縣市長選舉當選人，恭喜他們透過民主程序得到選民支持，期待他們可以在四年任期內施展抱負，為城市繁、服務人民努力，希望他們在過去基礎上，繼續平安順利推動施政，「行政院承諾會與各地方政府合作，創造雙贏局面。」
賴清德表示，選舉結束，每張選票是對政府的期待，也是施政檢驗選舉結果，這次選舉結果顯示，人民對施政是不滿意的，他也在第一時間表達道歉，也跟總統口頭請辭，昨天下午蔡總統與他懇談，他最後決定留下來繼續努力，希望政院推動不中斷。
賴揆表示，行政院會負起責任，滾動檢討各項政策，並且在短期完成公投後續相關法案，「明天我會率領交通部與部會首長，針對普悠瑪事故運輸安全進行專案報告，另外，108年中央政府總預算、前瞻政府總預算與CPTPP法制作業，目前仍在審議當中，我仍有責任持續推動，這也是我決定留下來原因之一。」
賴揆表示，本選舉各候選人有很多訴求，若可作為施政參考，行政院也會重視。
對於本次敗選，是否涉及內閣改組，賴揆表示，他會在適當時間，對內閣人事做必要調整。
有媒體詢問，雲林、彰化二縣市變天，是否將影響當地離岸風電的推動？賴揆表示，離岸風電是再生能源，和本次公投結果並無涉。另外，本次中南部農業縣市變天，是否與民進黨農業政策有關？賴揆則表示，「像這樣敗選，要檢討很多，恐怕不會只有農業政策。」
對於黨內有人勸進擔任黨主席，負起民進黨中生代接班責任，賴揆表示，「我是行政院長，負責政務推動，黨務部分應由相關單位說明。」
