行政院今（29）日針對「九合一」選舉進行檢討，由於本次選舉與10個公投提案合併舉行，由於日前為選務下台的中選會主委陳英鈐，選前即表態將在選後檢討「公投綁大選」規定，中選會副主委陳朝建今天進一步表示，世界各國公投與旭選合併舉行規定，多保留4個月，但台灣現行只有1個月的緩衝，況且公投在選前1個月成案後，政府要在1個月內，為10個公投案辦50場說明會，讓民眾民眾周知並不是合理事情，拉長時間恐怕有其必要。
另外，公投連署門檻是否調降部分，以及如何避免「死人造假連署」，恐怕要有其他配套措施，例如公投連署過程，設立見證人制度與公證人制度，確保公投連署真實性，如果要引進電子連署門檻是否要進一步調整，中選會方面則要聆聽各界意見。
公投綁大選亂象橫生 賴清德要求中選會1個月內提出改進報告
行政院院院今天討論「九合一」大選選務工作，由於民進黨政府今年在大選中大敗，過去長期堅持的理念，包括「非核家園」、「台灣正名」等議題，在本次公投都遭到了嚴重的挫敗，負責選務的中選會，在選後的第一時間被檢討。
行政院長賴清德今天在院會中表示，本次選舉在投票當天引發嚴重民怨，開票作業也延至翌日凌晨3時才完成，中選會事前未能規劃周延、事中未能有效因應並加以排除，造成國人不便，陳英鈐雖已請辭負責，中選會仍應深刻記取本次經驗，聽取社會各界意見，就本次選務工作的執行面與法規層面，進行澈底檢討、亡羊補牢，該修法即應儘速修法。
賴清德表示，由於未來選舉合併公投舉辦勢將成為常態，請中選會重新檢討整個選務作業，並於一個月內提出逐項改進作為，包括：公投案從查驗連署，應避免死人造假連署；公投主文設計、到公報刊登內容，合理的辦理時程，以及兩種投票程序同步進行的有效分流方式；另外有關社會的各項建言，均應做為下次選舉的妥善因應。
賴清德：各部會記取教訓，負責任讓大眾了解公投議題及政府態度
賴揆同時提示中選會，研提未來公投採電子投票，並非「網路投票」的可行性。
賴清德今天在院會中，也要求各部會未來在公投進行前，記取本次公投教訓，「負責任地讓社會大眾清楚瞭解公投議題的內涵與政府部門的態度」，使全體公民對公投議題能有更充分的討論與思考，讓公民投票成為一種由人民做主、「人民直接行使創制、複決權」的成熟民主制度，以取代政黨間對重大議題上的對抗。
針對賴揆表示，「政府有責任要讓社會大眾清楚瞭解公投議題的內涵與政府部門的態度」，是否代表政府在同婚與正名等議題上，應有更明確表態？行政院發言人Kolas Yotaka表示，這次九合一選舉選務過程，「我們都必須要在錯誤中學習，包括公投法能否創造更多時間，讓民間可以了解、辯論，讓政府有更多機會針對不一樣政策表達立場，這部分都需要未來進一步努力。」
