大選過後，被認為應該要為空污、淘汰老車等政策下台的環保署長李應元，今（4）日舉辦交接儀式。典禮上，李應元致詞時仍不忘重申政策立場，提到上任兩年以來，空污情況確實有改善，政府要淘汰10年以上老車是謠言，實際上跟老車司機都有經過良好溝通。同時李應元也強調，非核是他信念，如果前總統馬英九堅持重啟核四，他會投入社會運動，和馬英九就核四議題辯論。
今天環保署、農委會、交通部皆舉行政務官交接儀式，將暫時代理環保署長職務的副署長蔡鴻德表示，原訂在這個會期推動的環資部組織法還沒能送進立法院，就發生署長人事改動實在很可惜，環保署之後將會繼續推動組織法以及環評法修法等未竟事業。
在典禮上，李應元表示，環保署雖是小部會、但挑戰很大，從新政府上任兩年多以來，兩次上凱道抗議的團體訴求都與環境有關，分別是減香風波引起的「眾神上凱道」，以及因管制移動污染源引起的「卡車上凱道」，然而環境勢必備要管制，經過數次與人民直接的溝通後，眾神接受了一香一爐、卡車司機們的抗議也從三天自動縮減成一天半。
對於外界認為空污、老車政策失利是敗選原因之一，李應元則堅信，這兩年來空污一直有在改善，環署從上述民眾生活著手，並要求台電、中鋼等大型事業加裝空污防制設備，還有管制是工地揚塵、露天焚燒活動，在這些措施的效應下，與2015年全年的空品監測站紅害站日數相比，去（2017）年已減少56%，今年更已經減少68%。
李應元說明，原先的政策目標是4年改善50%，但既然有誤解、就是要負起責任下台；他還說，如果總統蔡英文可以連任，8年至少可以達到80%，希望民眾再給政府一點時間。此外他還向老車司機道歉：「你們委屈了，我正式向大家道歉，但是這個政策，我相信就算不是全世界處理移污最好、也是第二名的政策。」
至於外界關心新內閣將由誰接任，李應元說，內閣調整是行政院長的職權，院長獲得總統的慰留、決不是戀棧權位的人，大家應該全力支持院長的決定。
回首觀塘案環評爭議，李應元再次感謝昔日的老戰友、環保署前副署長詹順貴，並說兩人通力協商調整開發案，讓開發計畫避開G1、G2兩大連接陸域的藻礁熱區，環評委員都已經盡力，最後還是守住了環境保護與程序過程，整體結果可受社會公評檢驗。
最後談到個人離職後的去向，李應元說自己將恢復社會運動者的角色，尤其非核一直是他的信念，對於曾一起競爭台北市長、如今公開表態支持核四的馬英九，他表示十分樂見，如果將來馬仍認為要重啟核四的話，他也願意和馬繼續辯論下去。
