阿富汗國防部雖然表示遺憾，但仍堅稱「一小撮恐怖分子帶著輕型武器與重型武器，利用醫院建築做為陣地，攻擊阿富汗部隊與人民。」
轟炸與大火過後，醫院建築殘破焦黑，瀰漫著人肉燒灼的味道，許多罹難者根本無法辨識。
倖存的醫護人員利用倖存的醫院房間，改裝成臨時手術室，全力搶救傷患。傷勢實在太嚴重的，就轉送到2個小時車程外的普里昆里（Puli Khumri）醫院。
昆杜茲這家MSF醫院是整個阿富汗東北部唯一的同類型醫院，4年來不分種族、不分宗教、不分政治立場，搶救傷患的性命與四肢。2014年，醫院救治了超過2萬2000名病人，執行超過5900場手術。上個月底昆杜茲大戰爆發以來，醫院救治了394位傷患。
國際特赦組織（Amnesty International）阿富汗研究員莫沙迪克（Horia Mosadiq）說：「MSF昆杜茲醫院，是人道主義歷史上黑暗的一天。醫師與其他人員在救治人命時竟然必須犧牲性命，這樣的情況令人完全無法接受。」
昆杜茲是阿富汗第5大城，人口約30萬，位於首都喀布爾以北約250公里處，今年以來一直是神學士武裝攻擊的重點目標。9月28日，昆杜茲被神學士突襲攻佔。10月1日，阿富汗軍警在美軍戰機的掩護下，重新奪回對昆杜茲的控制權。
