監察院調查指出，《大學法》94年修正公立大學校長遴選規定迄今，僅台大管中閔教授一案，遭教育部退請重新辦理，而根據教育部今年5月4日函復台大之理由指出，公立大學校長遴選作業，依法務部100年7月4日函示，並未排除適用《行政程序法》第32、33條等迴避規定。
然而監察院表示，諮詢學者專家，認為校長遴選應優先適用「國立大學校長遴選委員會組織及運作辦法」，並不支持教育部見解，監察院並認為，教育部逕行自行擴張解釋《行政程序法》主管機關法務部之函示，顯有違誤。
陽明、台大校長兩案適用法令不一？
此外監察院說明，陽明大學校長遴選案中，遴委會召集人張鴻仁於105年6月至106年12月期間，擔任心悅生醫董事，校長候選人郭旭崧則自105年9月至106年12月期間，擔任心悅獨立董事，監察院於今年2月針對此案詢問教育部，教育部引據法務部100年7月4日函示，卻稱：「《行政程序法》對迴避規定雖設有規定，惟就國立大學校長遴選，應優先適用『國立大學校長遴委會組織及運作辦法』所定之迴避規範」，對於陽明大學與台大2校校長遴選，相同事實適用法令不一，而為不同之處理。
監委包宗和與仉桂美並認為，教育部已逾越《憲法》第162條適法性監督範圍，嚴重斲傷政府信譽及大學自治精神。
