《天下雜誌》未經中研院法律學研究所副研究員黃丞儀同意，將其評論「馬習會」投書撤下，引發多位作者抗議，包括作家張娟芬、中央研究院社會學研究所副研究員吳介民等人已要求天下撤文，5日又有作者群王道一、佘健源、馮勃翰、劉玉皙與林明仁共5位經濟學家表示未來將不會為其供稿，林明仁表示，市場聲譽的建立很困難，但毀掉它很容易。
林明仁在臉書向《獨立評論＠天下》的李明軒執行主編喊話，「這次下架事件，讓身為作者的我們，發現到自己與編輯台之間認知的落差」林明仁認為當初會願意為天下供稿，是因為「天下雜誌與殷發行人的社會聲望」以及未曾提及會有任何的審查。
針對這次天下獨評文章撤稿事件, 我們幾個經濟學家（經濟五四三的王道一,佘健源,馮勃翰,劉玉皙跟我） 聯合發表的聲明: 而且還是一樣從經濟學的角度出發！...
由 Ming-Jen Lin 貼上了 2015年11月4日
因馬習會「層次遠高於一般議題」獨立就要擺一邊？ 林明仁：這不是干涉，什麼才是？
在這次撤文事件中，林明仁認為編輯台以「考慮獨評還無法有其它觀點的文章上線」、「馬習會層次遠高於一般議題」這些理由將文章下架，代表只要編輯部認定這篇評論「層次遠高於一般議題」，獨立就要擺到一邊，「這不是干涉，那甚麼才是干涉？」
林明仁表示，「上架代表主編已經完成守門人任務、決定此文發表，但是撤稿就表示是有更高層的人推翻了主編原先的決定。如果主編盡忠職守，守門人的任務就已經完成，不需要另外有撤稿與否的決定。如果認為主編擔任守門人有虧職守，那應該是懲處或甚至撤換主編。但無論如何，對原作者的文章撤稿都是一個很莫名的決定。」
林明仁批《獨立評論》不該沒事時喊獨立評論 一有壓力就東躲西藏
林明仁以經濟學的角度指出：「每一個媒體都會說自己是理性中立 ，因為吹牛是沒有成本的，這就是經濟學上所謂的Cheap Talk、鄉民口中的嘴砲。但是一個媒體是不是能夠堅守他的信念，只有在受到試煉之時才能顯示出來。媒體的信譽就是這樣一點一滴累積出來的。不能平常西線無戰事時就高喊獨立評論，博取社會清望跟市場佔有率，但一碰到壓力就東躲西藏，東拉西扯。」
林明仁怒斥，現在天下的這種做法是「把我們這些評論者的名聲也賠進去了」他還說，「試想日後在課堂上，若有學生問道：老師你這篇天下獨立評論的文章，自我審查了嗎？審查了多少？我們要如何自處？」
「獨評原本的初衷，與我們珍惜個人選擇自由的信念志同道合，現在發生這種事情，是經濟學家最無法容忍的。」林明仁說，未來將不會再對獨立評論供稿，舊稿部分也希望《獨立評論＠天下》能一併撤除。
