黃國昌在決定參選後，立即成為台灣媒體追逐的對象。其中立場親中的旺旺中時集團（簡稱旺中）日前還刊登新聞，稱黃國昌的岳父在山東「投資」生態農業區，指控黃國昌岳父「親中」，黃國昌自己卻「反中」。但隨後，該篇報導被證實是張冠李戴，黃國昌因此決定控告旺中集團。
日前，當黃國昌在前往台北地方法院按鈴申告時，更被旺中旗下媒體的記者群包圍，遭連番質問將近40分鐘，而其他媒體記者都無法插話。問題形式也五花八門，包括黃國昌在中研院擔任研究員時，授權北京大學出版他的法學著作，並指控他是「一手罵大陸，一手拿人民幣」。甚至還追問有關他在學校教書時搞「師生戀」的傳聞。
對指控的回應
黃國昌當時曾解釋說，「師生戀」雙方當時都是單身，而且是女學生畢業後才交往，結婚後也有跟夫人提過。但「搞師生戀」這些新聞標題在該批媒體的放送下，早已先一步進入民眾眼中。
至於在北京大學出版書籍一事，他表示，那是他當研究員時的事情。當時他在台灣出了本司法書籍，結果北大出版社覺得很不錯，前來跟台灣出版社談版權。當時黃國昌同意給予授權，「因為台灣司法體系還是比較透明健全，給對岸參考有何不可？」。
沒想到書籍在中國出版後，所有書中寫「我國」的部分都被擅自改成「我國台灣地區」，沒尊重原作者的意願讓黃國昌相當不滿，更直接跟出版社表明這本書只發行一版。
對於岳父在山東購買農地卻被報導成為園區，他也覺得很不解，表示岳父是來自中國山東的外省人第二代，對於戰亂後遷台未在回去老家山東，自覺「對家鄉有虧欠」，才在山東買了塊地給當地家族的人種農作物，黃國昌表示他們「自產自用，完全沒有產出」，為何會被移花接木到變成「科技園區」這樣。
加上岳父的山東地皮，更是在他與夫人結婚前就購買的，「我們都很尊重彼此的政治立場，我也不會過問他有什麼投資，但這件事讓我岳父很受傷，尤其他跟父親這些一輩子追隨國民黨的外省人」，黃國昌說。
日前，中國大陸國台辦發言人馬曉光在記者會也表示「絕不允許有些人在大陸賺錢，另一面卻支持台獨分裂活動，破壞兩岸關係」。黃國昌對此認為，「這句話針對性很強，就是衝著我來的吧」。
不過，他話鋒一轉，說「你不覺得台灣跟香港很像嗎？」，他說台灣發生「太陽花學運」後，香港也發生「佔中運動」，也有香港報社因為論調支持「佔中行動」，而被瘋狂攻擊。他感嘆「有人曾說「今日香港、明日台灣」。
與「恐怖情人」相處
當BBC中文網記者問到，如果他當選後會如何看待兩岸關係，黃國昌則回答說，他覺得台灣人一直以來就很愛好和平，幾百年來被各政權侵略統治，從沒想過侵略誰。但不論誰當選，希望中國當局可以好好檢視選舉結果，現在台灣人「為何會這樣想」。
