行政院長毛治國16日晚間宣佈已向總統馬英九提出總辭，馬英九順勢向總統當選人蔡英文提議共商由多數黨組閣事宜。儘管蔡英文已拒絕提前組閣，但行政院已決定在18日下午2時舉行臨時院會，提出內閣總辭，在馬英九批示之前進入待命狀態。
國民黨主席朱立倫16日晚間承認敗選之後，毛治國立即發表聲明，證實已向馬英九請辭，並且不接受慰留，希望藉此建立多數黨組閣的慣例。然而馬英九在16日晚間致電蔡英文道賀時，提出邀請蔡英文入府共商多數黨組閣，卻遭到婉拒。
新閣組成 盼留給新執政團隊協商
儘管如此行政院已決定在選後的第一個上班日舉行臨時院會，正式提出內閣總辭，到五二0之前的內閣組成，留給現任總統與新當選的執政團隊協商安排。
由於蔡英文認為將引發權責紊亂疑義，拒絕在上任之前先行由國會多數黨組閣的提議。對此總統府仍希望由總統府秘書長曾永權和民進黨秘書長吳釗燮協調促成馬蔡會，就算吳釗燮將於18日應邀赴美，總統府方面也表示願意等待吳釗燮返台再談；而對於毛治國的辭呈，馬英九也不會立即批准。
