至於小英從陸委會時期就有共事經驗、並且信賴的兩位常任文官：前陸委會副主委傅棟成與主祕詹志宏，應會進入國安會，傅可望擔任副祕書長，與陳俊麟一起輔佐能讓獨派放心的現任民進黨祕書長吳釗燮。
事實上，黨內核心幕僚指出，早在立法院長人選確定之前，蔡英文與林全即已開始逐步約談可能的府院政務官人選。由於從小英基金會到新境界智庫運作的3年半期間，每週五的政策討論會，已經累積了一百多場的政策討論，而黨部的新境界基金會底下分了17個小組，核心參與的成員有數十位，延伸出去的顧問、智囊，據了解已有300位之譜，這些就是新政府的人才庫，經過這段時間默契的培養與共識的養成，已具備「影子內閣」的雛形。
然而，受限於小英的執政思維與當事人個人意願的矛盾，組閣過程仍然一波三折，就看小英如何激發資深政務官的熱忱，並能找到合適的中生代擔當重任，才能組成一支堅強的執政團隊，因應台灣嚴峻的挑戰。
政務委員 角色吃重
部會首長 大量起用中生代
由於過去8年，許多前朝政務官受到司法追殺，飽受折磨，雖然事後證明多屬冤枉，卻也讓這些官員無意回任官職，再蹚政治渾水。像前國安會祕書長邱義仁，一方面自覺應世代交替，一方面也不想再涉足官場，雖然案子全判無罪，但八年來嘗盡世態炎涼、人情冷暖，已經無意仕途。因此，扁朝時期的老將，應該只有少數會擔負起「傳承」的重責大任，並且很可能多退到第二線，擔任行政院政務委員。
由於蔡英文熟悉行政院運作多年，也經常與資深政務官交換意見，因此，蔡英文首屆內閣將改變運作方式，重新形塑政務委員的功能，曾任政務官或重要部會職務歷練者才可能出任政務委員，部會首長則起用中生代學者專家或資深文官，以達成世代交替與經驗傳承的目標。
尤其小英選舉時開出的多張支票，像五大創新研發計畫等，就打算由這些有經驗的政委「認領」各計畫，專案處理、追蹤考核。因此，經建會前副主委張景森、經濟部前部長何美玥、金管會前主委施俊吉、行政院前主計長許璋瑤，就成了小英的口袋名單，何況他們都是長期參與小英產業政策擬定的要角，負責督導專案才能得心應手。
不過，部分曾經在馬政府執政期間飽受特偵組、監察院「騷擾」的受徵詢人士，在蔡英文與林全徵詢時，已表明不願再出任公職，還有待蔡、林兩人進一步協調與說服。
熟悉蔡英文思維的人士分析，蔡英文思考府、院高層人事的主要邏輯，包括世代交替、經驗傳承與具有政策共識等三項原則。蔡英文曾經多次公開或私下表示，近幾年積極參與智庫運作的前政務官、資深常任文官與專家學者，在年齡與經驗分布上涵蓋老、中、青三代的人才，未來4年的政務人才也應具有充分的代表性。她多次強調，40、50歲的中生代已經具有獨當一面的能力，「應扛起時代的重任。」
