當時國民黨支持者無法接受分裂所造成失敗的事實，聚集在國民黨中央黨部和總統官邸前，時任台北市長的馬英九在敗選當晚9時許趕到現場，承諾會向李登輝轉達民眾訴求，但民眾鼓譟不已，甚至以雞蛋攻擊。民眾要馬喊出「李登輝下台」遭拒，情勢一度緊張，馬後來答應立即至官邸轉達訴求。隨後近午夜時，馬英九返回現場說，李登輝官邸侍衛長稱李「有點小感冒」已在晚上10時許入睡，民眾轉而對馬感到不滿。但是，李登輝最終因國民黨內部強烈反彈聲浪而辭去黨主席，其後率領部分國民黨本土派人士脫黨，另外組成台灣團結聯盟。
李登輝雖然離開國民黨，但是連戰和宋楚瑜並沒有重新聯手，宋楚瑜自成一派，組成親民黨。國民黨自此裂變成新黨、台聯黨、親民黨等4個黨。雖然2008年民進黨因陳水扁家族的貪腐弊案，讓國民黨有了重新執政的機會，但終究是人才散盡，馬英九8年的執政既缺乏對社會形勢的判斷，又找不到可用之人，只能因為失血過度，而比陳水扁時代敗得更慘。民主，不見得能讓天才上台，但畢竟能讓一個庸人下台。
主流民意之二：維持現狀
在陳水扁執政的8年期間，中國大陸只給陳水扁接受一個「九二共識」的選擇，也就是只能選擇統一，而不再有其他選項存在。但是，陳水扁一直爭取要有「統一、現狀、獨立」三種選項。就因陳水扁不肯接受大陸的唯一選項，所以他在執政期間，從2000年就職演說中提出「四不一沒有」之後，曾經試圖向「統合論」靠攏，甚至還願意邀請當時的中共總書記江澤民到金門的大膽島一起喝茶，然而陳水扁始終不願意接受「九二共識」，因此大陸方面也一直不肯接不肯接受陳水扁所釋出的善意。
此後，2002年8月3日，陳水扁透過視訊向在日本東京舉行的第29屆世界台灣同鄉會聯合會年會致詞時說：台灣是一個主權獨立的國家，不是別人的一省或地方政府，不能成為第二個港澳，「台灣與對岸中國，一邊一國，要分清楚」。扁聲稱中國所提出的一中原則或一國兩制，就是想改變台灣的現狀，台灣不可能接受，並大聲疾呼「大家認真思考公民投票立法的重要性與急迫性」。
陳水扁提出「一邊一國」，其實已經意圖改變兩岸現狀，不只遭到大陸的強烈反擊，也引來美國方面的不滿，將陳水扁視為「麻煩製造者」。兩岸關係自此大逆轉，台灣與美國的關係也降到谷底，最終在陳水扁的第二任期內，美國與中國大陸甚至被某些人誤解為「美中共管台灣」的態勢。
2008年馬英九自從上任以後，他雖然接受「九二共識、一中各表」，卻也提出「不統、不獨、不武」的「三不政策」。大陸方面選擇只聽到「九二共識」，對馬英九提出的其他主張都裝聾作啞，不予回應。這已經是大陸給馬英九最大的善意。
