「臺灣要走向真正民主自由的國家，還留這威權專制時代的偶像在那裡，而且每天要朝拜（有固定儀隊定時舉行儀式）！」杜正勝說，「史達林比蔣介石厲害多了，蘇聯解體後，列寧、史達林的銅像全都被拉了下來。但是東方人的文化是比較順從的，而且我們的政權輪替不是革命式的大翻轉，國民黨還是穩固，而且國民黨過去形塑的意識形態，很多人還深入腦中沒有改變，要碰觸以前塑造的偉人，要改變，很多人不能接受。」因此處理中正紀念堂，實踐轉型正義，在無法拆除的前提下，要先做的就是更名，先打破偶像。
至於要改成什麼名稱呢？杜正勝說，「臺灣民主紀念館」這塊招牌，不是他決定的，是相關部會共同開會討論出來的。其實杜正勝並不認同「臺灣民主紀念館」這個名稱，因為蔣介石是破壞民主的人，這與民進黨對蔣介石的理解不合；更何況這整棟建物都與蔣介石已融成一體，建築物的本體是蔣介石，民進黨再賦予他一個「臺灣民主紀念館」的名稱，這是矛盾的。但將「大中至正」改成「自由廣場」則是杜正勝建議的。他當時還建議「民主廣場」等數個名稱，最後由阿扁選定「自由廣場」。「我為何用民主、自由做主軸去建議？」杜正勝說，最明顯的就是一九九○年三月野百合在那裡靜坐。雖然只靜坐了幾天，但李登輝總統召見，答應了一些大改革，包括廢除萬年國代，老立委改選等。其實李登輝早有這個意思，但是無法自己發動，無意中有群大學生提出這些訴求，正好與他心裡想的很合拍。
「野百合靜坐是促使臺灣政治體質根本性改變的重要契機，就我的觀察，把原來『大中國政府的中華民國』變成『臺灣的中華民國』，中華民國的招牌和政府架構沒變，但和人民權利有關的民意代表變了。以前中國三十五省、十二個直轄市、西藏蒙古兩地方，和海外的民意代表，現在就只有臺灣代表和海外代表。以前是國代選總統，現在是人民直選。我說這是『舊瓶裝新酒』。」杜正勝說，改變的契機是野百合運動。後來也有些社會運動在那裡發動，因此自由廣場的名稱很適合。後來馬政府將民主紀念館改回中正紀念堂，但自由廣場的名稱自始至終都沒有改回大中至正。
這段時間，為了拆牌、護牌，教育部和臺北市政府大鬥法。為了阻止教育部施工拆牌，十二月五日，教育部準備拆牌前夕，臺北市政府在中正紀念堂周遭架起護欄，不讓大型機具進入，打亂了教育部原先的布局。教育部隨即召集相關主管討論因應對策，做出「封園」的決策。六日九時起，臺灣民主紀念園區封閉三天。教育部打算在這三天封園期間完成換牌工程。教育部原先的規劃，是搭鷹架進行換牌的工程，臺北市政府五日下午前往園區拆卸牌匾下的鷹架時，遭到莊國榮等人的阻攔，市政府隨即以妨害公務為由，將莊國榮……等人函送法辦。隔天，莊國榮面對媒體採訪時，情緒高亢地抨擊郝龍斌：「難道是民初的軍閥？如果對我不滿，歡迎隨時來告我。有種的話，他自己到法庭出庭，我會讓他哭著回去找他媽媽。」
