不過，「特農」要轉為「一般農業區」，目前卻卡在農委會。
據了解，內政部2017年公告全國國土計畫時，原本準備依據農委會所公告2015年「直轄市、縣（市）宜維護農地面積及區位」，針對各縣市農業發展區面積，訂定分配量，但當時引起縣市政府反彈，尤其是境內「農地工廠」較多的縣市，擔心各縣市農業發展區「分配量」訂死以後，境內農民將很難翻身。
儘管如此，農委會公告的「直轄市、縣（市）宜維護農地面積及區位」，卻成為區域計畫審查過程，農地「總量管制」的審查門檻，高雄市政府官員去年9月在國土計畫公聽會上就表示，「因為中央有規定，特農調一農，跟一農調特農的部分，特農最後的面積不得少於2015年當年特農的面積，目前來講，特農調一農的面積有一些超出我們的預期。」
對於目前農地工廠申請「特農轉一農」申請超出預期，內政部官員表示，內政部將優先輔導已形成聚落的農地工廠，現階段先以5公頃去篩選，在區域計畫變更過程，除了要避免影響鄰近農業生產，也要評估鄰近公共設施是否足夠。營建署官員強調，農業與工業本來就有衝突性，農地工廠沒有所謂「就地合法」這件事。
內政部官員表示，《工廠輔導法》雖然排除了《區域計畫法》、《都市計畫法》、《建築法》的處罰，但並沒有排除掉其他土地、建管、環保等法規，未來即便《工廠輔導法》「109大限」展延，未來各縣市政府對於未登工廠，違反法令部分，仍應依法執行，「該怎麼辦，就怎麼辦」，不能一邊輔導、一邊執法，否則等於懲罰合法業者。
經濟部提3解套方案，「願意犧牲」的業者不多
根據經濟部規劃，經濟部針對農地工廠，目前提出的3個方案，非都市計畫區域內的農地，建議採取合作開發方式，都市計畫內農地，則以市地重劃或開發許可模式推動「合法化」，若採「合作開發」，廠商法定分回比率以30%為原則；市地重劃的分回比率較高，以55%為原則。
不過，經濟部評估，非都市計畫區域內的農地，採取合作開發方式，必須取得所有地主同意，時程不易掌握，分回比例較低；若採市地重劃，法定程序較為繁複。
經濟部官員坦言，由於上述的解套方案，都涉及到土地回饋等措施，目前農地工廠業者「願意犧牲的，不是很多」，2020年縣市國土計畫上路後，如果農地工廠沒有被劃到「城鄉發展區」，這些工廠要申請申請地目變更，將會很麻煩，因此現階段，才會有這麼多業者，申請將「特農轉一農」，轉成「一農」以後，才能依據《工廠管理輔導法》，完成回饋作業變更為丁種建地。
經濟部官員形容，內政部過去一段時間，已經完成50個「特定區域」，從特農轉一農，未來業者還會陸續提興辦事業計畫。不過，特農轉一農的總量限制，是未登工廠「合法化」面臨最大問題，農委會與內政部面對環保團體，都守得很緊、避免失分。
