國民政府來台後替軍人義診、二二八事件替外省平民免費看病 稱他「再生父母」的市長卻親手簽了槍決令
戰後日本殖民政府離開台灣、嘉義市進行省參議員選舉，潘木枝以最高票當選又當選副議長。即便成了政治人物，潘木枝依然持續行醫，他曾免費替中華民國駐嘉義軍隊看診，潘信行記得幼時醫院還掛著部隊長寫的感謝函。
到了1947年，中華民國政府因為軍紀敗壞、貪污腐敗、民怨累積而引爆「二二八事件」，台灣人對外省籍民眾心結極深，甚至出現一些毆打外省人的事件，但潘木枝仍持續醫師的職責，看病從不分本省外省。
潘信行回憶，二二八事件發生時有些台灣人會打外省人，處理委員會為避免事端擴大便將外省平民集中於當時嘉義公會堂，這時，父親竟自動自發到庇護所給外省人看病，頭痛、肚子痛、拉肚子的一個個開藥，叔叔說：「那些都是吃無料（免錢）的！」儘管替外省平民看病沒有收入，潘木枝仍堅持醫師救人天職，潘信行嘆：「這若不是歡喜甘願，誰要做這事？這是他對一般的中國人的態度，他對患者就是這樣的態度……」
當然潘木枝的好評不只來自醫德，也有高明醫術。潘信行回憶，他曾在1980年於聯合報看到一篇投稿，由過去嘉義市政府民政科科長唐智所寫。唐智寫到，當時嘉義市長孫志俊得了一種怪病，整個肺都流膿，在沒有抗生素的年代應是必死無疑，但時任議員的潘木枝竟能將其救活，那時孫志俊親自告訴唐智「潘木枝醫師是我的再生父母」──只是潘木枝絕對想不到，二二八事件清鄉開始後，這個稱他為「再生父母」的市長，就親手簽了他的槍決令。
「這是最黑暗的時代」一代仁醫被針刺刑求哀號至下巴脫臼 兒子為了救爸爸也跟著慘死
潘信行談起父親行醫經歷總是驕傲，他說「醫門好積德」，只是一生積德的潘木枝最後下場，是年僅45歲就被槍決在嘉義火車站前。二二八事件爆發後南部民兵與國民政府軍於嘉義水上機場對峙，而3月13日，潘信行說那時有兩台大卡車跑到家裡，從車上下來的人是當時嘉義參議會議長，他說身體不舒服，希望潘木枝代表他把兩大卡車的糧食送去水上機場，拯救當時被圍困的國軍與部份平民。
潘信行說，當時被圍困的外省人有男有女、有老人也有孩子，父親或許心想這是人道的事情，不應推辭，再加上潘木枝也是當時二二八事件處理委員會成員，便接受議長的請託──只是這一趟送糧行程，潘木枝就此一去不回。
當時這批送糧團的成員包括嘉義地方菁英潘木枝、盧炳欽、柯麟、陳澄波、邱鴛鴦、劉傳能等6人，一行人擔任「和平使」至水上機場送糧並與國民政府軍協商，但同時國軍也以直升機完成糧食補給，水上機場的國軍便開始鎮壓嘉義，6名「和平使」全數遭捕、遭鐵線捆縛、被刑求逼認煽惑嘉義群眾叛亂。
