讓我們繼續使用花園的比喻。如果我們能夠一開始就讓草地不生病呢？疫苗是現今已知最有效果的公共衛生醫療手段之一，在目前我們能夠治療的疾病當中，至少有9成是透過疫苗達成的。全世界因為疫苗而保命的人數，僅次於乾淨的飲水。
疫苗是人類公共衛生事業中最偉大的勝利，通常只需要在幼年時接種一次或數次，就能夠一輩子預防疾病的發生。天花至少從法老王時代開始，就一直纏著人類，讓無數人死亡或是眼盲，幸虧有了疫苗的接種，天花已經絕跡了。
疫苗有非常高的專一性，能夠訓練你的免疫系統只對一種特定的細菌起反應，通常是某個菌種或菌株，並不會瞄準其他體內的好菌。到目前為止，疫苗基本上是用來對付個別的病原體，一開始理所當然是對付那些最棘手的病原，但是疫苗的種類持續增加，有些對付的是沒那麼致命的微生物，包括感染後並非馬上致命，而是數十年才會致死的細菌和病毒，例如：會引起子宮頸癌的人類乳突病毒。
由於我們現在正在尋找那些還沒有疫苗的疾病中，各種特別的細菌所扮演的角色，那麼我們是否可以用疫苗預防這些疾病了呢？例如：有一種細菌會製造引發心血管疾病的氧化三甲胺（trimethylamine-N-oxide），我們應該消除這種細菌嗎？或是消除在大腸癌腫瘤中所發現的具核梭桿菌？甚至能夠對抗有效的（可能太有效了）從我們不健康的飲食中取得營養、讓我們變胖的那些腸道細菌，我們要發展針對這些細菌的疫苗嗎？到目前為止，這些都只是單純的問題而已，而發展的可能性無窮。
可以用疫苗治療憂鬱症或是創傷後壓力症候群嗎？根據世界衛生組織的說法，憂鬱症現在是造成美國失能（disability）的最主要原因，在開發中國家也愈來愈普遍。憂鬱症增加的速度和其他被認為常見於西方人疾病的增加速度吻合，這些疾病包括發炎性腸道疾病、多發性硬化症和糖尿病。
我們現在知道，這些疾病都和免疫與微生物有關。人類遠離了能夠調節免疫系統的土壤細菌，是否也是原因之一？在小鼠的實驗中，土壤細菌牝牛分枝桿菌能夠減緩焦慮。有趣的是，小鼠如果處於壓力之下，例如：和一隻體型大很多、強勢而且會攻擊其他同類的小鼠放在同一個籠子裡，牝牛分枝桿菌能夠讓牠們從壓力中復原得更好，這或許可以當作治療人類壓力疾病的模型。倫敦大學學院的微生物學家路克、美國亞利桑那大學的精神病學家雷森，以及在科羅拉多大學教授綜合生理學的勞瑞，三人在數年前提出了一個以牝牛分枝桿菌為基礎的疫苗，用以治療憂鬱症，目前在小鼠中已經得到了很有希望的結果。
＊本文選自羅布‧奈特、布蘭登‧波瑞爾新著《微生物的巨大衝擊》，天下雜誌出版。
