針對上周比利時布魯塞爾發生恐怖攻擊事件，總統馬英九28日下午召開國安高層會議，邀集副總統吳敦義、國安會秘書長高華柱、行政院副院長杜紫軍，以及國防部、內政部、交通部、經濟部、教育部與勞委會等相關部會首長，共同研商國內外情勢發展與政府因應對策，會中聽取國安局、行政院國土安全辦公室與外交部專案報告。
在國土安全影響評估上，國土辦研判，雖然我國遭「伊斯蘭國」期刊及影片點名，經評估目前應非恐怖組織優先攻擊對象。然我國應該採取精進穆斯林政策，加強關注國內穆斯林生活情形，消弭對穆斯林可能歧視，對外審慎應處，避免涉入教派衝突。
自去年11月巴黎攻擊事件迄今，政府秉持馬英九指示，以「嚴肅面對、審慎應處、隱而不顯、外弛內張」原則，落實強化預警情報蒐集與研判、加強情報協調的國際合作、加強國境管控與關鍵基礎設施防護等原則，持續強化各項反恐應變作為，並做好2017年世大運的維安整備工作。
外交部也將密切注意相關發展，檢視及強化我國駐外館處之應變計劃及措施，以便一旦發生恐攻事件時，將可運用各管道主動提醒僑民、留學生與台商，加強自身安全維護，強化與歐洲各駐在國反恐部門之聯繫，以推動反恐情資的交流與合作。
馬英九裁示時重申我國政府譴責暴力之嚴正立場，指示政府相關單位必須積極應對恐怖活動威脅，加強各項安全維護工作，「務必做好萬全準備、絕對不能掉以輕心」！馬英九也指示相關部會必須重視文化包容，應即重新檢視各項穆斯林相關政策，充分尊重穆斯林生活習慣，以期增進社會融合的友善環境。
會中並討論今日上午發生內湖小女童被殺害的不幸事件，馬英九對於兇手殘酷手段，再次表示震驚與心痛，指示行政院全力偵辦，還給家屬與社會一個公道。並要求警政署立即加強全國治安工作，一定要讓國人與孩童家長感到安心。
