雙英會就各界關注政策議題交換意見，而在能源政策上，馬英九總統與總統當選人蔡英文看法出現明顯歧異。馬英九在會談中表達對2025非核家園的憂心，並認為再生能源發展仍有諸多限制，提醒蔡英文應考慮限電與高電價的風險。
蔡英文回應表示，民進黨智庫已對未來電力需求進行設算，台灣發展核能的條件不如其他國家，存在地層、斷層等問題；對於馬英九的擔憂，她能夠感受，並感謝馬英九提醒。
30日上午的雙英會在台北賓館進行75分鐘。據總統府秘書長曾永權會後轉述，雙方談及外交、能源等問題，但對近來發生的重大治安事件、新政府人事等問題，雙方並未觸及。
馬英九提醒蔡英文 非核要面臨限電及高電價風險
在能源議題方面，總統府發言人陳以信轉述，馬英九在會談中對非核之後的能源發展表達擔憂，並認為再生能源發展仍有諸多限制。他向蔡英文提出自己的計算，指2025非核家園的目標，以及再生能源政策的發展限制，都必須再進行精算，並認為民進黨可能在非核目標遭遇困難。
馬英九也說明其他國家的能源政策及相關作法，強調再生能源仍難以取代基載能源，並提醒蔡英文在能源政策上，必須考慮限電與高電價的風險。
蔡英文:台灣對核廢料問題束手無策
蔡英文回應表示，民進黨智庫已有一群專家針對未來電力需求進行了解並設算；目前台灣所面臨最大的核能問題，是核廢料難以處理，而台灣發展核能的條件不如其他國家，面臨地層、斷層等問題，並不適合發展核能。
民進黨祕書長吳釗燮轉述蔡英文說法指出，台灣對核廢料處理束手無策，國內儲存在地點上有很大困擾，送到國外再處理再運回國內，費用很昂貴。第二個困難是台灣在地震帶，發展核能條件比不上其他核能發展成熟國家。蔡英文表示，在能源政策上，必須和產業和生活結合，包括儲電科技在進步，每天都有新的科技產生，未來我們選項會更多。此外，未來發電要更多元，用電要更有效，耗電量比較大的單位廠商要調整為更有效用電，這是台灣要面對產業結構問題，我們要善用大自然給我們的資源，面對外在挑戰。
陳以信轉述，對於馬英九提出的問題與擔憂，蔡英文表示已經有所了解與體會，也能感受到馬英九的憂慮，她也感謝馬英九的提醒。
蔡英文坦承，碳排放是目前台灣的重大挑戰，未來科技進步，將提供更多能源選項；而在《電業法》中，用電與發電仍不是最有效率，未來要致力修改，經濟產業結構也要進行結構調整。
