然而106年10月到107年1月期間所孵化的這400多萬隻海藍小雞傳出疫苗接種失敗，感染到病毒的雛雞和中雞，尚在潛伏階段、外觀看不出異狀，直到開始產蛋時才陸續發病，最終造成全台數百萬隻蛋雞死亡。
蛋農痛心：「沒人敢估計死幾隻雞」
掌管雞隻來源、向來在飼養管理上被要求加倍嚴格的種雞場，竟首次大規模出包，「以前從沒發生過，真的是第一次有狀況，也不確定是疫苗本身問題，還是施打方式錯誤，導致160萬雞都死了誒！我的養雞場七成、超過一萬隻的蛋雞就這樣沒了，損失少說300到500萬。」
高雄某蛋農Ａ（化名）痛心表示，那段日子真的很難熬，只能日日看著雞隻陸續死掉，每日徒手收拾200隻雞屍，死亡潮持續半年，「真的很自責，不解雞隻為什麼一直無故死亡，難不成是自己不適合養雞？大家只能一直討論解方，但沒人敢估計到底要死多少隻雞⋯⋯」
疫苗為何接種失敗？誰該負責？蛋農難求償
然而疫苗究竟為何接種失敗？蛋農後續如何求償？此次受害的蛋種雞場之一的菁山牧場對此澄清，前年疫苗失效為疫苗本身的問題，並非操作有誤，事後已和疫苗供應商進行協調，強調後續出產的雛雞不會再有感染馬立克病毒的疑慮，但拒絕提供疫苗商聯絡方式。
中華民國養雞協會蛋雞組組長黃榮珍則回應，海藍雛雞雖然容易感染馬立克病毒，但只要有接種疫苗就沒問題，且該疫苗開發很久了、使用十分順利，這回疫情「真的是國內蛋種雞場第一次出狀況，照理說種雞場的管理會比一般嚴格很多！」疫苗進口時都會經過檢驗、進行安全試驗，若只是部分保存不當或是操作錯誤，應該不會發生大規模雞隻暴斃，「我們估計至少有2、300萬隻雛雞死亡，算是很嚴重，」
他也指出疫苗商已坦承疫苗本身有問題，承諾以「一隻雛雞40元價格」的方式賠償中雞場和蛋雞場。（種雞場出售「海藍」蛋小雞價格約40元/隻，中雞場再以120/隻賣給蛋雞場。）
不過蛋農紛紛反映，並非每位受害者都拿得到賠償，許多人求助無門。受牽連的中雞場只能回頭找種雞場負責，而損失最多的下游蛋雞場，「幸運者」能以一隻「海藍雞屍」換得120元補償金，但也有蛋農一毛錢都沒領到。Ａ蛋農雖然拿回購買中雞、一隻120元的成本價，但他直言，後續照顧所開銷的飼料費、人工支出、蛋雞暴斃後造成的「產蛋空窗期」，對蛋農都是龐大的成本連累，未來若再度飼養海藍蛋雞，也會怕怕的、擔心「再次中鏢」。
淹水重創雞苗供應 靠著「老母雞」苦撐下蛋
「馬立克」災情延燒半年、直到八月才稍得喘息，不巧又遇上豪雨劫。去年823熱帶性低氣壓重創南台灣畜牧產業，接連數天豪雨灌進畜牧場，養雞場也受到波及。不少雞隻被淹死，彰化Ｂ蛋農就指出，南部的中雞場紛紛傳出災情，尚未長大的雛雞命喪洪水，估計造成30-60萬隻蛋雞淹死。雖然水淹過後的蛋雞場立刻投入雞隻復育工作，但要恢復正常產蛋效率至少也要半年以上。
