立法院司法及法制委員會6日完成《總統交接條例草案》初審，不過，針對備受爭議的總統條約締約權，藍綠雙方依舊在會中交火、意見分歧，讓民進黨召委段宜康只好動用表決，最後由民進黨團以人數優勢表決過關。對於該案將送交院會決議，國民黨召委林為洲表示，將會在院會拉下協商。
司委會6日初審通過，針對總統、副總統交接期間，交接條例的主管機關為中選會，將負責編列總統、副總統辦公室預算；而爭議較高的「總統條約締約權」，也在會中以5票對4票，表決通過民進黨團版本。上述條文均將和3月21日、24日於司委會中完成條文審查的總統應移交事項、總統及副總統當選人「與聞國政」規定、交接期間人事凍結，一併送交院會決議。
不過，針對交接條例第9條的「總統條約締約權」，國民黨團則有不同意見。該條文規定，總統及中央行政機關就重大政策、特別預算、締結條約或簽署台灣地區與大陸地區人民關係條例所定協議前，應先諮詢總統當選人之意見。總統當選人就重大爭議性政策、預算，得擬具書面意見送第4條所定交接小組，並由交接小組協商之，若經立法院院會決議者，中央行政機關應即依其決議辦理。
國民黨立委賴士葆認為，應刪除「若經立法院院會決議者，中央行政機關應即依其決議辦理」之規定，這是「違憲條款」，有總統當選人擴權的可能。民進黨召委段宜康則解釋，該條文是明定現任總統就重大政策等可諮詢總統當選人，而當選人能透過交接小組表達意見，但最後的決議權仍在總統身上，且把重大決議交給民意機關，沒有違憲疑慮。
最後朝野依舊爭論不休，段宜康只好在會上宣布休息協商，但經過2次協商，雙方依舊沒有共識，只好動用表決，通過民進黨版本。段宜康會後表示，該重大法案將在下周二將排程序委員會，下周五送交院會。對此，林為洲表示，國民黨團將會在院會中提出協商。
按照立法院議事規定，若院會交付協商，將進入1個月的協商冷凍期。因此，若國民黨團在下周五院會中拉下協商，該案最快至少要到5月中旬才能再次處理，而屆時總統當選人蔡英文已就職完畢。
