針對《陸海空軍士官服役條例》去年增訂「洪慈庸條款」後，軍醫體系基層醫護人員指控國防部，訂定高額賠償金防止醫護人員提前退役，國防部強調，衛福部公費醫師須保管證書（扣照）至服務6年期滿為止，若未履行義務者，終生無法執業；相較之下，國防部針對2019年以前入學之醫學系軍費生，並無扣照規定，「為維持部隊戰力及維護國家安全，僅能以提高賠償倍數作為管制，已畢業及在學學生，須賠償所領受公費待遇、津貼，加計乘以法定役期14倍（年），總計15倍，以7年制醫學系學生服役滿1年為例，215萬x15x(13/14)=2995萬元。
國防部強調，《軍事學校預備學校軍費生公費待遇津貼賠償辦法》適用對象為未按照招生簡章完成軍事學校學業之軍費生，至於《軍士官未服滿最少服役年限志願申請退伍賠償辦法》適用對象，則是未服滿法定役期即申請志願退伍之軍士官。2項法案係為了因應上述取得專長人員提前退伍，產生任務執行人力缺口，國軍必須重行招募新進人力，所衍生之額外培訓費用。
軍醫局強調，國防部針對今年度招生的軍費生，於「108學年度軍事學校正期班甄選簡章」增訂保管證書（扣照）之規定，且賠償金額亦比照衛福部公費醫師，賠償金倍數降為4倍；未來108年度入學者，在畢業後1年提出退伍申請，賠償金額約668萬元【180萬元x4x (13/14)】，並非外界轉述之2、3000萬。
國防部：軍醫生與衛福部公費醫生不同
至於軍醫體系基層醫護人員批評，國防醫學院畢業之醫護人員，必須服役至少10年以上，醫學系役期長達14年，衛福部醫學系公費學生的服務期間僅6年，今年度入學之軍費生未來若申請提前退伍，賠償金額仍高於衛福部醫學系公費生，國防部解釋，軍職醫師之培育過程、所耗費之各項成本、影響國家安全及公共利益之程度等，均與衛福部培育之公費醫生有別，自難以衛福部之賠償標準等同視之。
國防部強調，衛福部公費醫師畢業後需自行找尋醫院進行專科醫師訓練，俟完成後始計算服務時間；軍費生則是由國防醫學院聘請專業教授，自行提供長達7年之軍費培育，畢業考取醫師執照後，即分發國軍醫院進行完整之專科醫師培訓，且訓練期間均計算服役年限。
國防部表示，募兵制實施後，國防醫學院培育之軍費畢業生是基層醫官、國軍醫院及國家災難醫療救援體系之醫療、衛勤專業人力補充最主要之來源，且現行ROTC及專業軍官班，均無法以替代人力補充。
