兩種真理觀：
一、父親大人與真理
如果鍊金術最終想獲得的是世界的真理，那到底真理是什麼？也許我們會認為真理就是相當於整個世界的知識，而有關整個世界的知識乃恆常不變的。掌握真理，亦即是掌握了世界穩定的一切，從此無所欠缺。
故事中的父親大人就是這樣理解真理。父親大人原本是一個人造生命體。他能夠說話，能夠思考，可是卻沒有身體，只能委身於一個小瓶之中。後來他就利用大型人體鍊成陣，犧牲了很多生命而獲得了身體。可是他得一又想二，妄想再次透過大型人體鍊成陣把握真理，成為「完全」的存在，成為神。他的鍊成陣就是象徵了要把神拉到地上吞掉。陣中畫了一頭雙頭龍，而其上就是倒轉了上下寫成神的名字，意思是人神關係倒轉。
可是人就是有限的存在，人造人也不例外。有限就是有所不行，受一定的限制。而人的限制可以見於原始的七原罪。人有強大的「慾望」，既想得此又想要彼，貪得無厭。我們又「傲慢」，自以為可以勝過一切。這一切都是人的限制，我們不得不如此，根本無所逃遁。
父親大人以為知道世上的一切等於突破所有限制。以往沒有肉身嗎？那只要知道怎樣擁有一副就可以了吧。從前不能凌空飛行？那就掌控飛行的能力吧。這看似再無限制，但其實不過是由從前的限制，跳到另一種限制。
縱然之後父親大人懂得怎樣製造微型太陽，那還不過是一個小太陽，那可以超越真正的太陽嗎？這果真窮盡了世界的一切嗎？當我們把世界理解成某個模樣，並且以為這就是世界的全象，其實我們是在為世界劃下界限，說世界是如此如此，與這般那般區分開來。但你又怎能夠說世界不過是你眼中所見？既然你可以為世界劃一個界限，那自然你也可以劃過另一種界限。你怎麼知道界限之外不會有另外一個世界？
父親大人曾說過：「給予和願望相對應的絕望就是所謂的真理。」這句話是他對別人講的，但其實也是對自己說的。父親大人在獲得肉身之後就把七種原罪抽出，製成獨立於他之外的人造人。
可是諷刺的是，七種原罪根本從未離他而去。他一直帶有強慾，妄想成神；他又自高自大，企圖成為完全的存在。其實由頭到尾他都沒有逃離過限制，這就是他的絕望。
二、愛德華與真理
父親大人所走的路只會帶來絕望，主角愛德華所走的路就揭示了另一種可能。愛德華由始至終都希望為弟弟找回當年在人體鍊成失去的身體。他一直信奉等價交換的道理，相信要獲得什麼，就要付出相同價值的什麼。所以在旅程上他一直尋找強大的賢者之石，希望以它的力量換回弟弟的身體。
在最後他們與父親大人激戰一役，弟弟以自己為代價，令愛德華重拾當年同樣在人體鍊成時失去的手臂，得以戰勝父親大人。愛德華為了救回弟弟，於是再次去到真理面前，向它討回弟弟。
