西元1118年，阿歷克塞一世病逝，約翰成功抵住了安娜及其母親的干預，取下及戴上父親的帝位指環，在人民的認可下登基為拜占庭帝國皇帝，是為約翰二世。安娜並無罷休，她認為自己才是阿歷克塞一世的真正傳人，帝國需要的是她而不是約翰。一年後，安娜策劃企圖暗殺約翰二世，卻失敗被抓。接著，她便被軟禁在萬福瑪利亞修道院（Monastery of the Virgin Kecharitomene）裡，禁止接觸任何政治。
編寫《阿歷克塞傳》
在軟禁期間，安娜沒有浪費時間。她開始做第二件事，就是編寫一部描寫父親阿歷克塞一世生平的歷史鉅著－《阿歷克塞傳》。這部著作鉅細靡遺地記下了阿歷克塞少年時期直到病逝的大大小小事情，甚至包括阿歷克塞一世在面對諾曼人（Normans）、土耳其人（Turks）和佩切涅格人（Pechenegs）的入侵時所表現出的愁緒。對於安娜來說，父親是拜占庭帝國當時最重要的舵手，他的死不止對安娜，對帝國人民來說也是毀滅性的打擊。因為，接下來，他們開始要忍受「帝位繼承者（指約翰二世）的愚昧」。
《阿歷克塞傳》的風格既是一部史詩，又是一部軍事史，以古典希臘語編寫。內容並非單純是一位公主歌頌父皇之作，更是唯一詳細記錄了東西基督教教會及伊斯蘭教首次大規模交流的情況，這種交流在當時是史無前例的，而且導致了巨大的衝突和混亂。因為這部著作，安娜到今天還在史學界享負盛名，她是第一位以歐洲語言編寫史書的女性，而且也是中世紀唯一一位編寫史書的世俗歐洲女性。
在阿歷克塞一世成為皇帝前，拜占庭帝國便已處於極度水深火熱的境地之中。西元1050年起，塞爾柱土耳其人（Seljuk Turks）在安那托利亞（Anatonia）開始向西擴張，拜占庭帝國在這裡的控制愈來愈薄弱。西元1071年，拜占廷帝國軍隊在曼齊刻爾特戰役（Battle of Manzikert）中慘敗，當時的皇帝羅曼努斯四世（Romanos IV Diogenes, Emperor of Byzantine Empire）被俘虜，帶到塞爾柱帝國蘇丹「英獅」（Heroic Lion）阿爾普．阿爾斯蘭（Alp Arslan, Sultan of Seljuk Empire）跟前。
這場決定性的戰役後，安那托利亞的局勢極度不穩，內戰隨即爆發。不少拜占庭貴族在這裡爭奪餘下的權力，並僱用土耳其傭兵作戰。這些傭兵以土地和城市作為報酬，拜占庭貴族的內耗最終使帝國幾乎失去了所有在安那托利亞的領土。這就是阿歷克塞一世繼位時的情況。
