為了因應新冠肺炎未來疫情可能再發展，衛生福利部國家中醫藥研究所修訂《新型冠狀病毒病中醫臨床分期治療指引》，針對輕症、重症、危重症採取個別中藥治療，提供中醫會診臨床分期治療指引，以搶救危重病患、扭轉病勢，縮短病毒轉陰及住院時間。
新型冠狀病毒病中醫臨床分期治療指引，針對輕症、重症、危重症採取個別中藥治療
此指引是由衛生福利部國家中醫藥研究所蘇奕彰所長擬定，主要依據為中醫典籍文獻中有關急性感染性疾病治療內容（漢代《傷寒雜病論》為主，明清溫病醫家分期治療方藥為輔），以及2003年中醫治療SARS經驗為基礎，並參考COVID-19國際學術論文。
依照《內經》所述瘟疫特性「五疫之至，皆相染易，無問大小，病狀相似」，個體體質差異之病機辨證較不重要，依照病程轉變之病機辨證為診療核心，為因應快速傳染與急性病情發展之特性，擬定分期治療處方作為臨床診治大量病患之指引，醫師得依照患者實際病況調整，以適合病情診治，且為扭轉病情，急重症患者建議以煎劑治療。
還有，中醫分期處方遵循《內經》及《傷寒雜病論》調和營衛（扶正）以抗邪（驅邪）之基本原理，組方包含：解表宣肺、和胃降氣、寬胸化痰、清熱解毒、補益強心、涼血活血等法則及用藥。
重症、危重症患者，中藥醫驅邪與清熱解毒藥力需加重
適用對象包括：從風寒濕邪氣入侵於肺經、肺系（鼻竅、口咽及上呼吸道）的輕症，至入侵下呼吸道的肺臟鬱熱痰阻之重症、危重症患者，驅邪與清熱解毒藥力需要依病程病機而加重藥味與劑量。
而危重症或素體虛弱及有痼疾之患者，病機擴及心、脾胃或肝腎，需適時扶正以防多器官衰竭致命；從重症或危重症回轉之患者也需補益扶正兼活血涼血，以加速復原並預防肺纖維化。
治療新冠肺炎，中醫複方內涵分3部份
為使中西醫合作照護順暢，中醫處方採用複方，組成結構轉譯成現代醫學容易理解的內涵包括三部分：
1.抗病毒中藥：選定研究上對SARS-CoV有作用之「板藍根、魚腥草、黃」。
2.免疫調節中藥：以漢代及明清醫家常用之「石膏、綿茵陳、黃芩」。
3.強化體質中藥：屬支持性治療，包括促進循環及腸胃功能。
以下為分期治療新冠肺炎患者的建議處方：
【輕症方】：
對象：一般住院隔離病患（含無症帶原與初發作症狀者）。
目的：阻斷病勢進入肺部明顯發炎。
飲片：每日1劑，1000 cc水煎成300cc藥汁，三餐飯後半小時服，100cc/次。
魚腥草五錢、板藍根五錢、荊芥三錢、防風二錢、桑葉三錢、黃芩三錢、全瓜蔞五錢、厚朴三錢、薄荷三錢、炙甘草二錢。
