然而，岳鍾琪看到張熙帶來的書信大驚失色，回頭就向朝廷上奏，舉報了這對師生。雍正帝命地方官員將曾靜、張熙師徒等人逮捕歸案，進行審問。審案的官員問，你們為什麼不好好過日子，要造反啊？
張熙一開口，害慘了別人一家子。他說，自己都是從呂留良著作裡學的，於是引出了呂留良案。
此案的主角呂留良，早在案件發生的四十多年前就已經去世了。他生前與明末清初大儒黃宗羲等人相識，堅持反清，強調「華夷之辯」，有所謂「華夷之分大於君臣之倫」的說法，其門生遍布各地，還有一大批思想激進的支持者。
雍正帝可能也沒想到，還有意外收穫。
最後結案，卻讓人大跌眼鏡。此案的導火索，有意策反地方大員的曾靜、張熙二人被釋放。雍正帝說，曾靜的狂悖之言只是在誹謗他，「無反叛之實事，亦無同謀之眾黨」，免於一死。
曾靜死裡逃生後態度大變，回家寫了篇《歸仁說》，宣揚「本朝得統之正」，稱頌皇帝「聖德同天之大」，還表示願意到各處現身說法，為朝廷「化導愚頑」。更讓人無語的是，這位原本的反清先鋒，還真的出去蹓躂一圈，為朝廷四處宣講。回到湖南後，當地官員發給了曾靜一千兩銀子作為安家費。
諷刺的是，乾隆不贊同其父的做法，即位當年就下旨將曾靜、張熙凌遲處死。
呂留良的子孫、門生卻沒有逃出雍正的制裁，在案發之後家破人亡。
當時，呂留良及其長子呂葆中已去世多年，還是逃不過懲罰，被開棺戮屍，梟首示眾；其學生嚴鴻逵被關入牢中受迫害而死，並戮屍梟首；呂留良的另一個兒子呂毅中與徒孫沈在寬等被斬首；其他呂氏門生或充軍，或杖責，或收監，或處死。呂、嚴、沈等受牽連家族的婦女及年幼子孫被發配邊疆，給披甲人為奴。
這一大案，震驚了天下。
越來越多的人同情呂氏一族的遭遇，民間開始流傳「呂氏孤兒」的傳說，這就是呂四娘其人最初的來源。據說，呂四娘還向赫赫有名的反清俠客甘鳳池學習劍術，一心想手刃仇人。
但是，這一切極有可能只是民眾的憑空幻想。
雍正帝在位時，就已聽過「呂氏孤兒」的傳言，他密令寵臣李衛嚴查此事，看呂留良一案是否有漏網之魚。李衛是雍正年間出了名的能臣，在地方任職時為官清正，審理了不少大案。用他辦事，皇帝放心。
經過李衛調查，呂氏孤兒的謠言不攻自破。李衛向皇帝回奏了涉案呂氏家屬的詳情：其中呂留良之子二人，孫輩二十人，曾孫輩十九人，已過繼出二人；相關的妻、妾二十四人，已出家者二人，又未許字之女五人，總共七十二人，都已發遣黑龍江。尚在人世的呂氏一族成員，都已受到懲處與監管，不可能有人漏網。
