前桃園市長鄭文燦及前新竹市長林智堅去（2022）年都被爆論文涉抄襲，遭撤銷台大國發所碩士學位，一年兩起論文抄襲案也讓校方相當重視，而2人的指導教授、前國安局局長陳明通也遭檢舉指導不周，不過經調查仍保住退休金，對此台大校長陳文章首度表態陳明通應公開道歉。
針對陳明通學倫案，台大在召開校級教評會審議後，認定陳明通有所缺失但情節未達「解聘」重大懲處，後續教育部也於本月19日審定同意陳明通辦理退休並函復台大。台大校長陳文章昨（28）日首度對外表態，陳明通2位學生的學位接連遭到撤銷，已經傷害台大聲譽，陳明通應該向社會大眾致歉。
對於陳明通17日發布聲明稱「台大學倫會的判決是一場世紀大冤案」，陳文章則表示不認同。陳文章指出，社會大眾可能認為台大教評會未解聘陳明通是粉飾太平，但事實上教師法並沒有類似案例的法源依據，現代科技發達、網路資料查詢便捷，且AI、ChatGPT興起，只能盼教師法與時俱進。
台大社科院長蘇宏達27日在臉書怒批陳明通「豈容作賊的喊冤」，同時要求教育部和台大校方公開陳明通、林智堅丶鄭文燦3份審定審議報告書全文，以供外界檢視。對此，陳文章表示，依據保密原則不予公開，台大不能違法，且審定報告內容並無爭議，是否公開已不重要，並不會影響原來判決，只能呼籲教師法修法，才能杜絕未來類似案件再度發生。
教育部長潘文忠也在今（29）日證實，台大先前就依規定提出陳明通退休案，待學倫案調查結果出爐後教育部才進行退休案後續審議，並於19日函復台大，至於陳明通退休金將由台大校方處理，教育部僅針對退休審查程序做後續處理。
