開頭直接進入主場景、位在羅馬尼亞山裡的隱居修道院卡拉塔修道院，一名年紀較大的修女帶著一名年輕修女走進隧道裡，打開一間刻有「上帝止步」的木門走了進去，年輕修女明顯在懼怕著什麼，不久後老修女便渾身是血的倒在地上，向年輕修女交代了一些事情後便被拖進木門裡，而年輕修女旋即轉身跑走，來到房間裡用準備好的繩索上吊自殺。
她的屍體都到了被烏鴉啄爛了才被一名男子發現，梵蒂岡接獲消息後，將委派在外的柏克神父找回來，並請他前往當地調查，此外，也找了一名熟悉當地的見習修女艾琳陪同。兩人抵達後找到了發現屍體的男子小法，他帶著柏克神父與艾琳修女到修道院後，因為卡拉塔修道院的一些規矩以及柏克神父的建議先行離開，留下柏克神父和艾琳修女，約好兩天後再來接他們離開，只是第一晚不只柏克神父和艾琳修女看見詭異現象，就連離開的小法都在附近墓園被纏上。
「瑪利指引明路。」
艾琳修女表示自己從小就經常見到異象，而這也是我個人認為梵蒂岡之所以會派艾琳修女參與調查的原因，畢竟若我是主教一定是派更有資歷與力量的修女，再怎樣也不會選一個還沒立誓要終生奉獻給基督的見習修女，但假設梵蒂岡知道艾琳修女擁有這種能力，那麼想用她的力量調查發生卡拉塔修道院裡的奇異現象似乎就能說得通。
另外柏克神父年輕時曾因急於立功，一時誤判情勢進行強制驅魔，反而害死了遭附身的小男孩丹尼爾，從此便懷抱著對丹尼爾的愧疚直至今日。《鬼修女》基本上就是依循著艾琳修女的異象與柏克神父與丹尼爾的過去分頭進行，先談柏克神父這條，有人會想為何丹尼爾會出現？因為據了解，盤據修道院的惡靈瓦拉克會化身成每個人心底最恐懼的事物，藉由攻擊弱點使人衰弱進而擊破，對柏克神父來說，丹尼爾自然而然就是他的弱點所在。
跟柏克神父這邊相比，艾琳修女的這條線可看性高出許多，在夜晚她總是會做惡夢，夢裡都會有瓦拉克出現，這應可視為瓦拉克的呼喚，呼喚什麼？呼喚艾琳修女，一如早就死的卡拉塔修道院院長告訴柏克神父的那樣，「艾琳修女早已萬劫不復」，這解釋成艾琳修女早就被瓦拉克盯上，因為身為惡靈若想要現身在人間就必須依附在人身上，也因此回到最開頭，老修女告訴年輕修女維多利亞的「應該做的事」，就是要她「自我犧牲（自殺）」，作為卡拉塔修道院最後一名修女，維多利亞一死瓦拉克便無計可施。
而為了調查來到這裡的艾琳修女自然成了瓦拉克全新的目標，只不過艾琳修女因為擁有看見異象的能力多次出現保護她、提醒她，那些早就死去的修女如歐安娜、露絲等人出現都是為了警告艾琳，只是瓦拉克力量太強異象終被擊散，可這之前艾琳修女早已透過歐安娜修女的透露，得知消滅瓦拉克的辦法就是用當年封印祂的基督寶血聖物再次將祂封印，而存封著寶血聖物的地點，就是她過去總被提醒著的「瑪利指引明路...」
