台鹽綠能是經濟部重點培植的綠能產業，但現在卻被爆出近2年虧損2.5億元。有知情人士透露，台綠原本有巨大優勢，但卻因為一連串的酬庸文化，加上母公司台鹽管理不當，最後導致綠能產業大失敗。
根據《鏡週刊》報導，台綠去年虧損近2.5億元，今年第一季也已經虧損超過5000萬元，超過資本額的一半，讓母公司台鹽也十分擔心，幾乎每個月發公文提醒，建議台綠增加小案場、能源管理、碳權及碳盤查等業務收入，財務或各項專案面臨重大風險時則要提出因應方案等。
台鹽也提出要求，若台綠有新案件必須經過台綠董事會通過才能執行，然而台綠卻未照做，收到新專案大多擱置不理，且公司董事會除了董事長吳國卿與1席民股董事，其餘3席都是台鹽要員，其他一級主管也大多出身台鹽，並無特別擁有光電產業經歷。
不只董事會遭台鹽高層把持，誇張的是，台鹽高層主管更是引薦親友去台綠上班，卻公然在上班時間睡覺、看球賽；另外也有台鹽高層主管到台綠兼任行政處副處長，卻能指揮台綠總經理做事，自己本身卻不批公文、不蓋職章不負責，現今又被指派為台綠董事長室主任。
一位從事綠能開發的國營事業幕僚就批評，台綠原本擁有比民間綠能企業更大的優勢，卻因為一連串的酬庸文化導致錯誤決策，綠能產業淪為慘業，「政府發展綠能產業的美意，都被人謀不臧給害慘了」。
