既然益生菌如此重要，市面上益生菌產品又多如牛毛。究竟，如何挑選好的益生菌產品？
● 錠劑、膠囊還是粉末？
我們先討論錠劑，這種型態益生菌是經過高熱的加壓而製成錠，已經造成益生菌大量死亡。而且，製成錠劑要素可能會加上糖衣或定型劑；雖是方便攜帶，但人體吸收時卻會造成巨大負擔。在進入小腸前的胃必須釋放大量胃酸破壞錠劑益生菌，此時益生菌又會因胃酸影響再次大量死亡…
益生菌通常可以在飯前或飯後食用。若在飯前食用，因為肚子屬於空腹狀態，吞下錠劑時胃開始分泌胃酸。整個胃之間只有錠劑益生菌，胃酸分泌過多而無其他食物，會造成胃酸破壞胃壁。形成胃穿孔，得不償失。
我們再拿膠囊與粉末比較。膠囊也有外面一層包覆方便攜帶，但不同於錠劑的是基本上膠囊採取容易被分解材料製作。諸如動物皮骨與明膠萃取，同時這兩者屬於葷食。市面上也有一種採取素食植物性膠囊的益生菌產品。
粉末型態益生菌產品最容易為人體吸收，它不需要太多胃酸侵蝕。不過粉末型態益生菌產品不容易保存，尤其在溼熱台灣天氣。若粉末本身形成黏稠狀，不僅拆封起來困難，吞食過程也是麻煩。
部分業者為了讓粉末型態益生菌產品口感更加，也會添加阿巴斯甜或果汁粉來調味。此舉讓消費者誤認了益生菌口感，實際上卻又造成身體不必要負擔。
綜上述所述，膠囊型態益生菌不僅攜帶方便又容易保存。而膠囊種類中又屬素食植物性膠囊益生菌產品為佳。
● 看看益生菌產品成分有沒有含有糞腸球菌
2017年底衛福部食藥署發布草案，將糞腸球菌 (Enterococcus faecalis）和屎腸球菌 (Enterococcus faecium）兩款菌種於 2018 年 7 月後不得作為食品原料使用。糞腸球菌的爭議由來以久，包含是否為合格益生菌、是否會孕育超強細菌、是否為商人湊數用菌…
不管怎麼說，既然今天衛服部已明定益生菌產品不該添加這兩菌種。在挑選益生菌產品時多留心一下即可。
● 找找益生菌有無菌株編號
大家在挑選益生菌產品時可以多留意菌種是從哪裏來的，有沒有菌株編號。例如植物乳桿菌（Lactobacillus plantarum）LP28，LP28 就是菌株的編號。
有菌株編號的益生菌一般是有大量科學研究了該菌株的益生功效，並且有專利。食用起來相對有保障。例如 LP28 的專利號為 ZL 2009 1 0258587.5，其他像 LRH10、 BL986…等都是益生菌菌株編號，可安心購買。
● 益生菌進入腸胃前，需要有伙伴：益生質
