捲入浩鼎案的中研院長翁啟惠二度入府與馬英九總統會面，除了再度致歉，並未再提辭職之事，僅表明願意「提前交接」，此舉被視為與前院長李遠哲「唱雙簧」，讓馬英九在卸任前吞下中研院評議會提送的新任院長人選；如果這真的是「雙簧」，那唱的肯定不翁李兩人，從中研院出面為翁啟惠解釋他為何不宜請辭的記者會看來，這簡直是中研院自創院以來最隆重的一齣「大合唱」。
浩鼎案爆發以來，中研院不只一次出面為翁啟惠開脫，從無違利益揭露原則到請辭不宜，這群由全國理應是學問最大、學術成就最高的人組合的機關，遇事的處理態度，遮之掩之扭捏之護航之；而對於新任院長遴選過程中的諸多爭議（照翁啟惠的說法），不論是事前「洩密」並放話任令「親中」帽子亂飛，到臨時變更遴選辦法，以利李遠哲屬意人選順利最高票出線，到當選人之一的院士郭位聲明退出遴選，中研院的表現只能用四個字形容：手足無措。
中研院不自救，沒人能救
這群最有學問的知識份子，硬生生讓中研院人事陷入極尷尬的處境，進退兩難，不過，他們還是有足夠的驕傲讓自己的尷尬，成為總統的尷尬或難題；即將卸任的馬英九總統，大概沒這個智慧和臉皮裝傻，還得費盡周折思考如何處理？或如何與總統當選人蔡英文商議如何處理？然而，不論即將卸任的馬英九或即將就任的蔡英文，總統的權柄只能及於同意中研院評議會提交的最高票人選，卻不可能照顧或挽回中研院墮落的學術形象，中研院要砸自己的招牌，大羅天仙下凡都救不了，何況是人間權力者。
翁啟惠滯美期間，二度表明要辭；反倒回台之後，堅定不辭，認為此時請辭會造成中研院「人事動盪」，滯美不歸而辭沒有動盪問題嗎？更妙的是，他彷彿釋出善意表示，「如蒙總統允准」，他將把院務交給副院長處理，換言之，他自己停止職權行使，要知道公務員「停職」也是處分的一種，他不讓總統停他的職，倒免了馬英九落下一個「總統停職中研院長」的惡名，但也免了院長空缺期間總統發布代理院長的可能。
院長因特殊情況出缺，副院長仍有不隨同卸職的空間
奇特的是中研院上上下下都認同翁啟惠請辭，的確會造成「人事動盪」，因為依照任用規定，「三位副院長也將隨翁同時卸任」，將引發行政空窗期。
根據中研組織法，院長由中研院評議會就院士中選舉產生，報請總統任命之；副院長由院長就院士中遴選，併同其任期報請總統任命之；而院長任期五年，連選得連任，副院長任期不得跨越院長任期。
從法律條文看，院長和副院長是總統分別任命的「特任官」，總統在發布副院長人事令時，其任期都明確定在今年的十月十八日，符合「不得跨越院長任期」（翁的任期到十月十八日），同時由於副院長由院長選定，新院長就任，副院長當然併同舊院長卸任，改由新院長重新選定副院長；問題來了，如果院長提前解職或辭職，副院長任期到底該不該提前解除？從總統人事令來看，他們的任期都是明定在案的，當然不必；但若新院長提前選定，基於對新院長的尊重當然應該提辭，以讓新院長有人事權，但是，中研院不是行政院，沒有「內閣總辭」的問題，如果新舊院長無縫接軌，自無困擾，如果新舊之間有空窗期，副院長只要任期不超過十月十八日，就沒有違反規定，否則若是院長因病出缺，在新任院長產生前的空窗期，副院長也得一起卸任嗎？
