高鐵票價引發質疑，有論者投書《風傳媒》指出，陸客在網路上購買低廉的台灣高鐵車票，單一旅程段國人要付的票價比淘寶上面高，相當不合理。
台灣高鐵則發出新聞稿澄清指出，配合觀光局推廣外籍旅客來台旅遊之政策，高鐵公司特別推出「單程乘車券」買一送一之短期促銷方案，銷售至4月底；故目前海外經銷商所販售之「單程乘車券」價格，係特定促銷期間之優惠價，並非常態產品價格。另外，台灣高鐵為鼓勵世界各國旅客來台觀光，特別針對持來台旅遊簽證或免簽之外籍旅客推出「高鐵周遊券」、「雙鐵周遊券」以及「單程乘車券」等多種海外旅遊產品。相關產品銷售與世界各國鐵道公司推出的海外產品相同，僅限外籍人士憑該國護照購買。
《台灣高鐵可以不要這樣羞辱我的新台幣嗎？》一文中質疑，「台灣高鐵公司可能有中資（且這錢還是呆胞政府出的）跟匪諜臥底」，因陸客可以在網路上購買低廉的台灣高鐵車票，「淘寶網站便宜又好用。」
作者也認為，單一旅程段國人要付的票價比淘寶上面高，「這算哪門子合理？」批評「還是說台灣高鐵公司就是喜歡用人民幣來扇新台幣的耳光呢？」
對此，台灣高鐵發出新聞稿澄清，列出以下五點：
一、本公司為鼓勵世界各國旅客來台觀光，特別針對持來台旅遊簽證或免簽之外籍旅客推出「高鐵周遊券」、「雙鐵周遊券」以及「單程乘車券」等多種海外旅遊產品。相關產品銷售與世界各國鐵道公司推出的海外產品相同，僅限外籍人士憑該國護照購買，且兌換時需出示購買使用的證件。其中「單程乘車券」售價為標準車廂對號座原價之8折。
二、此外，配合觀光局推廣外籍旅客來台旅遊之政策，高鐵公司特別推出「單程乘車券」買一送一之短期促銷方案，銷售至4月底；故目前海外經銷商所販售之「單程乘車券」價格，係特定促銷期間之優惠價，並非常態產品價格。
三、同時，本公司更針對本國旅客持續推出多樣化優惠，包含：早鳥優惠、大學生優惠、回數票/定期票、高鐵假期、交通聯票、飯店聯票等優惠產品，滿足旅客不同需求。近期更推出春遊高鐵促銷專案，提供包括「買高鐵送住宿」、「假日不加價」等超值優惠，吸引國人購買並甚獲好評。
四、有關高鐵票價之訂定，係依據本公司與政府簽訂之「台灣南北高速鐵路興建營運合約」規定，由政府定期檢視票價公式中相關參數與變動因子後定期公告。本公司已多次聲明，有關票價調整議題，將持續審視社會經濟環境情勢、公司營業成本、市場競爭力及旅客需求等因素，進行整體評估，並依董事會討論決議辦理。所謂「交通部長准了台灣高鐵公司漲價的合約需求」顯然與事實不符。
五、台灣高鐵公司於2016年10月27日掛牌上市，相關股東權益均恪遵政府法令及公司治理原則辦理。本公司股東戶數逾8萬名，其中，外資（含法人及自然人）持股比例約14.5%，對公司營運及財務決策並無控制力。文中提及「匪諜臥底」及其他諸多不實指控，本公司將於研議後採取適當之法律行動，以維公司權益。
