所謂的考古發掘，並非任意「挖寶」，而是透過系統性地發掘與記錄，重建過去人類的生活。一般是開挖成長寛各4公尺的「探坑」，探坑與探坑之間約有1公尺的「界牆」，然後再以10公分為一層，依序往下發掘，再逐層詳細記錄各層位所出現的現象與文物。
對照漢本遺址搶救發掘，根本無法按照標準程序作業，探坑就是橋墩落墩的大坑，界牆就是墩坑的縱切面，為了安全就直接以型鋼交錯立牆防護，考古團隊為了研究及記錄縱切面內容，只能在鋼牆的縫隙中發掘，也就是在危險空間中與時間賽跑。
中研院考古團隊發現漢本遺址有兩個文化層，第一層挖掘到距今900到1600年前的金屬器時代遺址，和新北市八里十三行文物很類似； 下層的第二個文化層，出現距今2000年前遺址，則是和花蓮縣花岡山遺址類似，可能是新石器時代後期的聚落。
上推距今2000年 可比漢朝、羅馬
這個古老的聚落，年代可遠溯到距今1000至1800年前，陸續發掘出的遺跡，甚至可以上推至距今2000年以上，也就是說當西方羅馬帝國與中國的漢朝、三國魏晉等朝代各自歷經興衰起伏之時，東部先民們也在開拓寶島的土地。
負責主持考古的中研院歷史語言研究所研究員劉益昌教授表示，第二個文化層深度有8公尺，是第一個文化層3公尺的2倍多，且長約300公尺、寬100公尺，是完整且豐富的遺址，相當罕見，而且對北台灣和東台灣的考古文化具有重要的突破和關鍵意義。
劉益昌教授指出，這兩個文化層都被大量土石掩蓋，推判兩個聚落都因為土石流掩埋消失，先前的聚落掩埋消失200年後，另一個文化又進到這個地方形成聚落，之後仍同樣遭土石流再度消失，原來「土石流」不只是現代的夢魘，也是先民的災難，一直以來就試煉台灣人的靭性。
另外，根據出土的金箔、瑪瑙、玻璃飾品、青銅器等，可稱之為「舶來品」，還出土了一枚唐高祖時期的「開元通寶」。推想先民們利用東部的玉石特產，精進了玉石精雕技藝，再利用這些藝品，換取或交易金箔、瑪瑙、玻璃飾品、青銅器等「舶來品」，而遺骸的骨骼的某些特徵，也顯示他們善於划船的特質。考古學家劉益昌認為，先民可能利用海洋從事航行且有貿易的行為，稱他們是「最早的台商」一點也不為過，從玉石的輸出角度來和台灣西部比較，現今被稱為「後山」的花東地區，其實在當時是「前山」，是台灣貿易的重鎮。
