爭議三：遲來的新證據引發爭議 國衛院報告具證據能力嗎？
5月3日的審理庭，檢察官再度拿出國衛院研究報告，試圖指摘頂新的原料油中含有不飽和醛類化合物。然而，檢察官仍未踐行上次審判長的要求，未將該報告不足之處補正至足以作為法庭呈現之證據。撇除該報告之諸多殘缺（沒有來文字號、沒有檢驗日期、也沒有傳送日期等），該報告檢驗所得之數據是否足以反映油品實際狀況，須回歸到樣本油品是否具代表性，也就是需辯證採樣方法是否正確。
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本案一審時，彰化地院院方未採信檢方所提出的檢驗報告，而是再次會同審、檢、辯三方到屏東油廠重新取樣送驗。原因是，一開始，檢方提出的報告在取樣時是從油槽最底部進行取樣，但油槽底部形狀類似漏斗，油的密度較低會往上浮，而其他物質包括重金屬等，會沉澱在底部，因此檢方提出的報告中重金屬的檢驗數值會有極大的出入。二審庭期中亦向鑑定人姜至剛醫師確認這樣的取樣方式確實是錯誤的。正確的方式，必須先將油槽加熱均勻，再分點取樣，如果油槽很深，甚至必須分成七點，在不同深度分別取樣，如此才符合科學精神。而檢察官再度提出的國衛院研究報告，姑且不論取樣油品的保存問題，其採取的取樣方式，就是之前一審已被確認有問題的方式。
再者，亦有辯護人提出，所謂「超標」實為假議題，檢察官一直以食用油標準來檢驗原料油，原料油根本就沒有規範的標準，何以超「標」？至於「不飽和醛類化合物」，國內法規乃至國際間都沒對其定出檢驗的標準，如何認定是否超標呢？因此這份報告的證據能力勢必將受到考驗。
爭議四：溯源管理到底要溯到哪一層？
回到原料油來源的爭議上，檢察官認定頂新越南油的來源可議，但尚未提出具體證據證明此論證。而辯護人則是提出越南大幸福公司的上游廠商都經過越南工商部確認來源，無病死豬的可能，以佐證來源清楚、透明。
對於廠商的溯源管理責任，鑑定人顏宗海醫師曾表示「源頭要可信」，姜至剛醫師也提出「from farm to table（從農場到餐桌）」都必須明確地管制，認為目前我國政府做得不夠，企業主更必須負起最大的責任。然而，目前我國法規就食品溯源管理，確實只規範業者僅需對上一手的供應商及下一手的下游廠商紀錄產品項目、規格，並未要求業者溯源至農場、追蹤到餐桌。（可參照《食品及其相關產品追溯追蹤系統管理辦法》第4條 以及 「應建立食品追溯追蹤系統之食品業者」QA問答集）。
辯護人進一步指出，在本案一審時，義美食品公司協理陳伯璋作證時指出，要食品業者追蹤供貨來源至最源頭，有實際上的困難，上一手的廠商基於商業考量，並不會透露如何取得貨源。因為，如果讓下一手廠商知悉，下一手廠商就會略過上一手，直接向上上一手廠商進貨，以便節省成本。因此，檢察官若不提出具體證明頂新油來源有問題的證據，光是將溯源管理無限上綱至最上游，依照現行法規和證據，仍難以將頂新定罪。光懷疑沒用，在法庭上有證據才是硬道理。
