頂新越南油案進入二審程序以來，已在1月26日和2月23日召開了兩次準備程序庭。正式審理程序也在4月26日和5月3日開庭，且由顏宗海醫師和姜至剛醫師擔任鑑定人。台中高分檢看似摩拳擦掌，想把一審無罪的滑鐵盧扳回一城，但事實上卻是⋯⋯？
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爭議一：先起訴再補證據 準備程序形同虛設
準備程序的主要功用與目的，在於整理與釐清案件事實爭點、證據爭點及案件的法律爭點，檢辯雙方可聲請調查證據，並對調查證據之範圍、次序及方法表示意見，法官將決定案件是要適用簡式審判程序或簡易程序，評斷證據能力的問題和程序審查等事項，所有的準備程序事項都是為了審判程序庭時可以順利運作。白話一點，可以說準備程序庭是讓檢辯雙方磨刀霍霍，對方有多少武器彈藥都得清楚，審判程序時就是雙方光明磊落提刀入戰場，雙方真槍實彈來正面對決，由合議庭來審慎評斷。
然而，本案檢察官在第一次準備程序庭時，當庭才提出補充理由書且附件未附與辯方，當場辯方無法查閱內容，造成程序延宕，辯方只能在下一次才能對該份補充理由書表示意見。第二次準備程序庭，檢察官又當庭才再拿出「後來才發現」的證據。雖然原則上，在準備程序中提出新證據，並不違法，然而不免讓人質疑，檢察官在偵查過程中，未盡詳加調查證據之責，否則怎會在起訴之後才再提出證據。
爭議二：審理中當庭提出新證據調查，合適嗎？
為了發現實體真實，《刑事訴訟法》第163條中，規定了法院的澄清義務，而澄清義務又可分為「依聲請而發動的澄清義務」及「依職權而發動的澄清義務」。
前者指的是當事人、代理人、辯護人或輔佐人聲請調查證據時，審判長若認為符合「調查三基準」（註1），即「關連性、必要性、可能性」，則准予調查證據。若認為不符合則可禁止。
而第163條第2項則規定了法院依職權而發動的澄清義務：「法院為發見真實，得依職權調查證據。但於公平正義之維護或對被告之利益有重大關係事項，法院應依職權調查之。」舊法本來規定在第1項，而新法為了強調法院主動調查證據退居於「輔助性質」，也就是強調證據調查須由檢辯雙方為主，尤其是檢察官必須負舉證責任，所以特意將本條調整至第二項。
從上述可知，準備程序庭就須確定審理程序中要調查的證據有哪些，原則上，審理程序中，已不能再提出要調查的新證據。然而，進入實質審理程序後，檢察官卻還是當庭提出了新的證據，甚至是一份連自己都無法詳盡解讀的國家衛生研究院報告，因此該份調查報告的「關連性」也遭到辯方的質疑，在4月26日的審理庭上，審判長裁定檢察官需補正後再提。
