◎戰時的東京
轉學到東京小學校的高俊明，一九四一年三月自尋常科畢業後，本應成為中學生，但他並沒有立刻進入中學校。「那時我很討厭唸書，沒有通過任何入學考試。」高俊明說。
因此，他進入了「青山學院第二中學」夜間部，展開為期一年的補習教育。三年制的夜校，是要讓工作的青少年燃起向學心。「白天工作，到了晚上還要以疲憊的身體專心讀書，接觸到這些人，讓我開始知道讀書的重要性。」他說。
隔年，就讀青山學院中學校的高俊明，住進舅舅侯全成在東京洗足池 附近的家，與三位表兄弟一同起居。高俊明回憶當時的情景道：
舅舅侯全成原本在臺灣擔任醫師，戰後擔任臺灣省的委員，而後出任嘉義市長。
戰爭時，為了我們來到東京，但因空襲頻繁又回到臺灣。
洗足池附近有許多高級住宅，空襲時，周圍的房子有多間被燒毀，但是他的房子沒被波及，戰後他就賣掉了。
為了照顧在東京就學的我們，他僱用了一位臺灣女性擔任「家政婦」，負責打掃與煮食。所謂「家政婦」，臺灣習慣稱為「養女」。貧窮家庭裡的少女被爸媽賣掉以換取金錢，而以「養女」的身分住在買主家，從事家事等，當時仍留有這樣的舊慣。
成為青山學院中學校的學生後，到了戰爭末期，高俊明在信仰上有很大的轉變。受到要好同學的邀約，他參加了每星期日午後在一位開業醫師家裡舉辦的學生「讀經會」。醫師夫妻兩人，都是賀川豐彥 在東京世谷田牧會的教會信徒；妻子名叫齊藤艾瑪，曾留學美國，非常熱衷傳道。他們演講聖經，演唱詩歌，與學生一起吃飯，在信仰上引導他們。戰後回到臺灣，立志傳道的高俊明遂決定為貧窮的人獻身。
戰爭末期，高俊明曾因「勤勞動員」，前往東京灣附近的日本特殊工業會社（日特）。當時因為要製作機關砲，高俊明等中學生要負責銼平零件。當時幾乎每天都有空襲，幾乎無法唸書。在「日特」時聽到天皇的玉音放送，終戰後回到學校，隔年，因為「好想念臺灣，想早點回去。」而從中學校退學，坐上了回臺灣的貨運船大久丸。這艘船因為沒有裝載貨物，無法吃到水線，因而在船艙內裝入砂石，乘客就躺在砂石上睡覺。
回到臺南後，才發現父親三層樓的再生堂醫院，因空襲被毀，住家也遭受爆擊，老家呈現破產狀態。不久之後，高俊明因為將要擔任玉山神學院的院長，再次踏上日本，到日本基督教團的農村傳道神學院（設於東京都町田市）進修一年。這裡是專門對來自亞洲各國的神學生與牧師進行培訓的地方，除了神學，也教授農業技術。
◎玉山神學院的基礎
玉山神學院位在花蓮鯉魚潭山區，是高俊明夫婦為了開拓傳道所打下的基礎。當時，要到鯉魚潭只能騎機車、走山路；高俊明在這裡開設了玉山神學院後，上午進行神學等課程，下午則風雨無阻地前往山區開築道路、架築水管，引入山上的水源，也教導山地的神學生建築或農業等知識，幾乎沒有一天休息。
