繼內定前行政院長謝長廷出任駐日代表，以強化台日關係，未來亞東關係協會會長，蔡英文新政府也規劃，由去年總統大選時，曾陪蔡英文訪日的國安會前秘書長邱義仁接任。
邱義仁任亞東協會會長，讓民進黨對日工作，都由「政治大物」（重量級人物）負責，不過，邱義仁和謝長廷有多年恩怨，特別是謝長廷近年在兩岸議題多所經營，和邱義仁對中國的思維見解差異頗大，未來亞東關係協會和駐日代表處如何互動，引人關注。
另據了解，在規劃由被視為「和中」的謝長廷駐日時，基於平衡考量，黨內有默契，由獨派仍接受人選，來掌亞東關係協會。
2012年總統敗選後，邱義仁先婉謝蔡英文邀約，曾先後赴日本京都大學、北海道大學擔任訪問學者，但九合一大選後，仍歸隊參戰，對促成蔡英文訪日，邱義仁是重要關鍵，邱在選後，確定任智庫執行長，早先層峰也曾思考，請邱掌國安會外圍基金會，不過，為了補強台日關係，國安高層建議下，規劃邱掌亞東關係協會。
