新任行政院長林全，上任後第二份公文，是對民國103年3月發生的太陽花學運相關人士撤回告訴乃論的刑事告訴。這起繼民國79年野百合學運之後的大型學生運動，雖然曾引發國內外爭相報導，但時隔兩年，如果不是林院長決定撤告，恐怕大多數人早已忘記此案當時被檢方大動作起訴百餘人。
回首當時，檢方大動作起訴
民國103年3月17日下午，國民黨立委張慶忠在議場外宣布完成《海峽兩岸服務貿易協議》的委員會審查，前後歷時僅約30秒。因欠缺議事程序，且涉及兩岸敏感關係，引發廣大學生反對。由林飛帆、陳為廷等人為首的學生們，以服貿協議退回行政院為主要訴求，3月18日號召群眾佔領立法院。由於馬政府未積極回應學生訴求，五天後的夜晚，魏楊等學生決定攻佔行政院。隔日，當時的行政院長江宜樺下令強制驅離，造成大規模流血衝突。直到4月10日，學生步出立法院，為期23天的太陽花學運才暫告落幕。
而隔年的2月10日，檢方起訴了進入行政院的126位民眾，罪名分別是《刑法》第135條妨害公務執行及職務強制罪、第138條妨害職務上掌管之文書物品罪、第153條煽惑他人犯罪、第306條侵入住居罪等。
民國105年5月23日一早，行政院發言人童振源表示：「行政院將對126名被告撤回告訴乃論的刑事告訴。」而細觀檢方起訴的罪名，僅有侵入住居罪屬於告訴乃論，因此行政院真的撤回的、能夠撤回的，也只有侵入住居罪的部分。
行政院撤回的侵入住居罪，本來就不應起訴
《刑法》第306條：「無故侵入他人住宅、建築物或附連圍繞之土地或船艦者，處一年以下有期徒刑、拘役或三百元以下罰金（第一項）。無故隱匿其內，或受退去之要求而仍留滯者，亦同（第二項）。」
第1項所稱「無故」侵入他人住宅，是指無正當理由擅入他人住宅或建築物。而無故侵入他人住宅或建築物所保護的客體，為個人居住之安寧與私人生活秘密保持，著重在居住事實。從而，侵入住居罪所保障的是個人法益，行政院既然不是個人居住的處所，自然不應該適用本條法律。
檢方未從法律的立法目的中去解釋法律所欲保障的利益，反而自行以逾越立法基本價值的方式，去起訴進入行政院的人民，無疑是司法權踐越立法權。而向檢方以侵入住居罪提起告訴的行政院，令人不禁質疑是否只是想找個名目，教訓這些「不乖」的民眾？
行政院無法撤回的，其犯罪事實基礎也薄弱
除去行政院撤回的侵入住居罪部分，剩下的相關起訴罪狀，包含妨害公務執行及職務強制罪、妨害職務上掌管之文書物品罪、煽惑他人犯罪等部分，如果檢方未依《刑事訴訟法》第269條撤回起訴，法院仍然必須繼續審理。
