政府法規跟不上跨境電商腳步，從財政部研議「跨境電子商務通關制度」，研究了3年，卻始終沒有下文可以看出。
根據財政部2017年3月就關務署預算凍結案，函覆立法院內容，為解決跨境電商的租稅漏洞問題，關務署從2016年5月成立「跨境電子商務通關制度」專案小組，蒐集各國對電子商務貨物通關具體實施做法。關務署方面也積極與中華郵政合作，推動郵包電子通關作業，規劃中國大陸水陸郵包資料登打與介接作業，並且將上述作業從台北關，逐步擴大至基隆、台中與高雄關，藉以解決「虛報貨名及數量」、「冒用人頭化整為零申報」及「低報完稅價格」等逃漏稅問題。
儘管關務署推動的「電子商務通關服務平台實名認證子系統」，在去年6月已上線試辦，但關務署官員表示，去年11月關務署召集快遞業等相關公協會，討論「電子商務通關平台」，快遞業者主張其他國家尚未就跨境電商的電子通關作業建立起一套統一規範，希望台灣不要自訂一套表準，以免造成快遞物流業者法遵成本不必要的增加。在快遞業者反對下，財政部只好暫緩這項政策。
業者搶跨境物流商機，自貿港區卻「不自由」
同樣地，行政院新南向辦公室研議在桃園自由貿易港區發展「跨境電商貨物中轉區」，建構一個跨境電商貨物「整進零出」之物流作業環境，2017年底也訂定了《自由貿易港區貨物郵遞出口作業要點》，但目前為止，除了中華郵政在自貿港區成立「航郵進口貨棧」之外，其他物流業者迄今仍未能進駐。
然而，單單是桃園機場附近，目前開發中的大型物流園區，就有中華郵政物流園區、長榮物流園區、沙崙產業物流園區、長安產業物流園區、幼獅產業物流園區等，這些還不包括富邦momo等業者在桃園大園興建的物流中心，每一家物流業者都想要爭取跨境物流商機，但即便是自由貿易港區，距離「自由」都還有一段距離。
物流業者表示，依據《營業稅法施行細則》，外國電商在台灣物流中心所設置之「倉棧」，基本上即視為其在台之固定營業場所，民間之物流中心只要依據《物流中心貨物通關辦法》向海關核准登記，即可在園區內開辦「貨轉郵」的中轉業務，不過，台灣或許因為兩岸關係的地緣政治考量，即使在自由貿易港區的中轉業務，都會有其他考量。
自貿港區爆貨櫃藏毒品 郵遞中轉業務再度拖慢
前一陣子，遠雄自貿港區發生不肖廠商以「腳踏車零件」名義申報的貨櫃，卻被出口倉棧的堆高機操作員掉包，在貨櫃裡頭裝入160萬顆、價值1.7億元的「一粒眠」毒品，當時政府內部檢討，認為自貿港在「進口貨物」及「轉口貨物」的分流上有極大問題，讓不肖人士有機可乘，這個事件讓交通部規劃自由貿易港區貨物郵遞的中轉業務又整個慢下來。
業者無奈地表示，政府為了吸引國際快遞業者來台設置快遞物流中心，幾年前曾經討論過好一陣子，但政府從過去到現在，只要討論到自由貿易港區、自由經濟示範區，每次形諸於法律，跟「自由」的概念就會愈來愈遠，最後常常拿一些可能成為毒品、槍砲違禁品、化學用品等進口管道管制，「很多政府部門，根本都不想放手！」
