未來悠遊卡可能不能再用來搭公車了，因為悠遊卡公司與公車業者的合約只到2016年底，而雙方的清分費率還沒有取得共識，如果最終結果是悠遊卡公司不再與公車業者簽約，那明年開始使用悠遊卡搭公車民眾可能需要重新適應無法使用悠遊卡搭公車的生活。
所謂的清分費率，就是當每次有人使用悠遊卡搭乘公車，公車業者都需要提撥一定的金額給悠遊卡公司，以台北市為例，每天的公車運量約130萬人次，其中超過9成都是使用悠遊卡上下車，那北市公車業者每年交給悠遊卡公司的費用就超過1億元，但是比起中南部業者或是台北捷運，北市公車業者所付出清分費比較多，因此，台北的公車業者也希望藉由重新訂約的方式，與悠遊卡公司簽訂比較平等的合約。
悠遊卡公司方面則表示，目前還在與公車業者協商中，不能透漏細節，但是台北市工運處也表示為了公共利益會居中協調，而有網友表示，如果悠遊卡真的不能搭公車，那可能會轉用一卡通來作為支付手段。
