由於農作物一再遭受重金屬汙染，農地上非法工廠成為眾矢之的，2010年經濟部通過「工廠輔導管理法」修正案要管理非法工廠，但十年過去了，成效有限、條件愈放愈寬，終於走到讓非法工廠無限期就地合法的地步。如果這次真的修法成功，未來台灣農地被佔用、以及農地汙染，只會愈來愈嚴重。
修法歷程大致如下，2010年增訂33、34條，農地非法工廠群聚面積達5公頃以上，可劃定特定區變工業區。2公頃以上、5公頃以下可個案變更成丁種建築用地。先讓業者辦臨時工廠登記，再轉輔導合法。原本只到2017年止，2014年再延長三年到2020年，但即使放寬到這個程度也沒有多少非法工廠要理會。
現在提出的版本更狂，修法完成後10年內可取得特定工廠登記，往後只要繳交贖罪性質的營運管理金，就可以一直營運下去。對經濟部來說這還真是一個「一勞永逸」的修法，從此不用再擔心被別人指指點點。
而且還大言不慚說這次修法是「拼經濟、顧環保、守農地」，拼經濟或許是有，但顧環保、守農地卻是胡扯，實際上是以犧牲環保及農地在拼經濟，卻把後果留給農委會、環保署收拾，而這兩個部會到現在都沒半句話要說也真是神奇。如果真的要顧環保、守農地，以下幾個理由，都不該讓農地非法工廠就地合法。
農地汙染已耗費全民15億元整治，未來還會更多
農委會雖號稱台灣有80萬公頃農耕地，但實際耕種中約58萬公頃，其中15000公頃已達到污染或危害等級，環保署從2010年開始調查，發現其中1177公頃超過土壤汙染管制標準，目前還有300多公頃還沒整治完成。調查加整治費總計已投入15億元，而多數無法找到汙染行為人，只能由環保署的土汙基金支付。
土壤汙染的主因幾乎九成出在灌溉水質汙染，也就是工廠廢水搭排灌溉渠道排放，農民引用含重金屬的廢水灌溉，導致土壤汙染。也因此後來環保署修土壤染管制法，將擁有廢水搭排權的農田水利會列為「潛在汙染責任人」，與汙染行為人負有同等責任。但曾經向彰化縣、桃園縣農田水利會求償時被抗議還狀告行政院，2013年農委會訂定《農業灌溉水質保護方案》加強管理。
這個方案的目標是「輔導農田水利會逐步限縮各類廢汙水搭排到灌溉渠道」，而且暫定期限是2021年為止，已拿到許可的務必不可再展延。
經濟部說只有低汙染工廠才可以申請納管，但所謂低汙染是經濟部自己定義的，依環保署土壤汙染管制標準，土壤中含重金屬、有機化合物、農藥的濃度管制標準分農地、一般土地兩種，農地標準比一般土地嚴格。而工廠的放流水標準也遠比灌溉水質寬鬆。也就是說，所謂低汙染工廠，對農地來說可能是高汙染。
