雖然爭議大，但在朝野交相賊情況下，立法院經濟委員會審查《工廠管理輔導法》修正，在短短數小時即平和落幕，把一些爭議條文送朝野協商；某個角度而言，這是一種「形式」而已，因為朝野都支持農地違建就地合法化，外界預計很快這些違建工廠就全部可就地合法化了，朝野政黨算是一起作了一個最惡劣的示範。
經濟部的《工廠管理輔導法》原本是因應違建工廠管理而生，其中最重要的是第28條之5的「落日條款」，對遍布全台農地上7000多家取得「臨時登記」的違章工廠，明訂如果未在2020年6月2號前轉型合法，就應該退場。這麼多年來的「輔導成果」，真正轉型合法化者屈指可數；因此依法明年6月時，這些工廠都必須關閉，不能繼續營運生產。
不論是對執政的民進黨、或在野的國民黨而言，面對明年大選當前，當然要設法為這些違建工廠開脫，因為國內農地違建工廠確實是勢力龐大。單以經濟部列管的違建工廠而言，家數大概在1.1萬左右，非正式統計的違建工廠則有6-7萬家，如果把更小的工廠也計入，可能超過10萬家。根據估計，全台違建工廠的產值超過兆元，雇用的員工估計有60萬人以上。
而朝野提出的解套方案，也可說越來越放寬、越來越沒原則；最早賴清德擔任院長時，有意以「平價工業區」的方式解套，對一定數量、一定面積以上的農地違建工廠集中地區，乾脆變更地目成立工業區，把這些工廠納入，工廠也必須繳納相應的回饋金等。立委提出的解套則是「事緩則圓」，先把落日條款延長5或10年，希望以時間解決問題。
但現在經濟部提出的方案，則是非常「乾脆俐落」的放棄一切原本應堅持的原則，幾乎已經到讓違建工廠直接就地合法化的地步。對中大型聚落（如彰化五金工廠），採新訂都市計畫及開發產業園區方式處理─白話文說是變成工業區讓其就地合法。
對農地上低汙染的零星工廠，則分為「全面納管」和「就地輔導」二部分執行，同時要求其提出改善計劃等─同樣用白話文說，就是低污染違章工廠取得「特定工廠登記」後，便可就地經營合法化而且無限展延登記證，那些要求「改善期」的條文其實是寫給外面人看的。
如果依照蔡政府與朝野立委放水的修法，現有農地違建工廠大部份都能永久合法化，這代表的是農地被切割、污染的生態破壞，也會永遠持續。同時也是向全國非法業者發出一個明確的訊息：違法不要緊，只要挺得久、實力夠（違法者眾多且具政商影響力），一定能等到代價低廉的合法化。
更嚴重的是：這可能也是同時向合法業者發出一個訊息：支付高價追求合法是傻瓜。大部份農地違建工廠的產生，就是業者不願花較多錢進工業區設廠，在農地上隨便蓋工廠，既不必花高價去工業區購地、也免負擔高昂的環保花費，不符標準的廢水、空氣可以隨便排。這個心態，從政府要「輔導」違建工廠進工業區時，廠商反應幾乎都是：「成本太高、無法負擔」即可看出。
如果以市場競爭角度看，違建工廠的競爭力，就是違法帶來的低成本，工廠的外部成本就全部讓社會負擔。政府現在幾乎無條件讓違建工廠合法化，就是無視此其造成的不公平競爭，不管其對環境、農地造成的污染與破壞，不必負擔賠償之代償與責任。長期而言，這種作法就是造成道德風險，變相鼓勵非法。
或許經濟部也會辯稱不是無條件合法化，而是必須符合規定且繳交回饋金，才能申請將「農牧用地」變更成「特定目的事業用地」，讓工廠完全合法化。不過，這個回饋金可能低到一個缺乏實質意義的程度；現行規定變更農地的回饋金是土地公告現值50%，經濟部提出的修法草案未明定比例，立委則提議降到5%，如此低廉的回饋金，無異再向合法業者招手、鼓勵大家非法化。
面對選票與鈔票，要政客停止讓違建工廠合法化，可能性不高；環保團體再多的吶喊也不會被理會，只能期待有少數立委能拿出良知，擋下這個惡法！
