至於馬來人則出於對華人的排擠，還有對伊斯蘭教的信仰，沒有參加主張「無神論」的馬共，而是成立自己的馬來青年同盟。至於留在國民黨內的「穩健派」華人，則也區分為早年追隨孫中山參加辛亥革命的「保守派」，還有受到五四運動思潮洗禮，信奉西方價值的「開明派」。前者大多為「大亞洲主義者」，主張與日本合作驅逐西方殖民主義，後者則更傾向於與英國合作。
馬來亞人民抗日軍
馬共在太平洋戰爭爆發後，依據蘇聯指示放下與英國的歧見，雙方共組抵抗日軍的「反法西斯統一戰線」。而馬共對日軍的抵抗，並沒有隨著英軍馬來亞守將白思華（Arthur Ernest Percival）在1942年2月15日的投降結束。相反的，他們靠蒐集英軍在叢林中遺留下來的武器，發展成了足跡遍佈整個馬來半島的馬來亞人民抗日軍。
做為馬來亞共產黨中央委員會直屬的武裝，馬來亞人民抗日軍是支不折不扣的共產黨軍隊。並非所有星馬地區的華人都是共產黨的支持者，但是至少有三個原因讓他們必須支持馬來亞人民抗日軍的對日作戰。一是星馬華人在抗戰爆發之初，就基於對祖國的熱愛，在陳嘉庚號召下捐獻金錢給國民政府，使他們從一開始便被日軍界定為「反日份子」。
第二則是馬來半島上的非華人居民，也就是印度人與馬來人出於長年來對英國殖民統治者的仇恨，普遍把日本人視為「解放者」看待。而過去英國殖民統治時代，華人又享有經濟上的特權，從而導致馬來人與印度人的仇恨。所以在日軍發動「肅清」時，馬來人與印度人更是聯手壓迫華人，讓華人處於四面楚歌的態勢。
最後則是在於，華人在認同上仍將中華民國視為「祖國」，認為自己在馬來亞的地位取決於「祖國」對日抗戰的勝利。而馬來亞人民抗日軍，在當時是唯一足跡遍佈整個馬來半島的華人抵抗勢力。與其等著英國人打回馬來半島，倒不如先支持馬共教訓一下日本人、馬來人或者印度人，或者先尋求自保比較實際。當然，不是所有華人都有能力參加馬共。
對於大多數的華人平民而言，能夠躲過「肅清」的檢證，並忍氣吞聲當個平民就偷笑了。不過也有為數不少的華人，如前面所提到的辛亥革命元勳們，基於對「大亞洲主義」的支持，或者期望減少華僑在日本統治下的痛苦，選擇參加華僑協會與日軍合作。比方說新加坡南洋孫中山紀念館，即「晚晴園」的屋主張永福就當上了汪精衛南京國民政府的僑務委員。
另外一位前同盟會元老林文慶，則在台籍通譯黃堆金邀請下出任昭南華僑協會的會長。所謂的「昭南」意即「昭和之南」，是日軍佔領新加坡之後給這塊土地取得名字。這兩位中華民國開國元勳，支持日本的動機似乎不一樣。林文慶純粹希望保護華僑的生命安全，所以協助日軍向僑社催繳「奉納金」，希望能花錢消災。
