現行把前述中研院的兩個部分結合在一起的唯一機制，是評議會。評議會成員包括當然評議員（正副院長、各所所長、以及各研究中心主任），此外則是院士選出的聘任評議員（目前大多數是院士），比例約各半。評議會的設計兼顧院內各研究單位以及院士，中研院組織法明定由評議會選舉院長，就民主治理來說，比起全部由客卿為主的院士會議選舉之，或評議會中僅院士組可選舉院長，要來得合理。
不過評議會的辦法從1930年代以來，一直沒有太大的修改，我們覺得目前的評議會組成和運作的方式，有二點必須修正。目前參與評議會的研究人員都有行政職務（正副院長、各所所長、以及各研究中心主任）。從民主治理原則來看，我們建議增加非行政職之研究人員代表，由研究同仁選舉產生。二、目前中研院的重要決定以及組織法的修法草案，都要由評議會通過才有效力。其實近二十年來，中研院有形式與運作類似大學校務會議的院務會議，由院方行政首長、各所所長、各研究中心主任、以及研究人員代表組成。我們建議除了院長選舉及院士事務相關的職權繼續保留在評議會外，修改中研院組織法，由院務會議取代評議會的其他職權。
綜合以上，我們認為：
1.本屆中央研究院院長遴選依據中研院組織法，過程合法合理。
2.中研院院長領導由九百多位研究人員組成的研究機構。由院士會議或評議會院士組逕行選舉院長之提案有違民主治理原則。院長的權力來源需增加做為中研院主體之一般研究人員。
3.中研院評議會的組成與功能應研議修正，增加評議會中基層研究人員代表，並修改中研院組織法，調整院務會議與評議會職權。
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