按照教育部與原民會分工，原住民族教育分為原住民族「一般教育」及「民族教育」二種，前者包括原住民族實驗學校、原住民族專班，歸教育部管轄；後者則包括部落學校與原住民族教育中心，歸原民會管轄。
原住民讀部落學校比率偏低
根據審計部107年度「審計年報」，原民會2013-2017年執行「部落學校」設立計畫，實際支用經費1億4186萬餘元，但部落學校設立計畫未訂定績效衡量指標，難以具體評估及管考執行成效。原住民族學生就讀部落學校比率偏低，無法藉由招募原住民族學生就讀部落學校以達推廣民族教育教學成效，另部分課程缺乏互動教學模式，難以吸引學生學習意願，致出席上課比率偏低，影響後續就讀及畢業情形。
「審計年報」指出，2018年起各縣市部落學校，陸續轉型為「原住民族教育中心」，但其教授之傳統文化知識，尚未完成轉譯及辦理教材編譯暨出版等後續作業，難以建立原住民族傳統文化教材及建立系統性課程。
推廣原住民實驗學校 教育部處處「碰壁」
原民會負責的「部落學校」成效不彰，教育部負責的原住民族實驗學校，過去幾年在推廣過程，同樣也處處「碰壁」，桃園原住民實驗高中就是最好的例子。
桃園市政府教育局辦理原住民實驗高中，原本規劃在大園航空城與復興區羅浮，分別成立兩個校區；時任桃園縣長的吳志揚表示，桃園原住民人口7萬4千人，居全國之冠，辦理原住民實驗學校，應該最具潛力。當時桃園平地原住民議員在議會強烈建議，在桃園市區設置原住民實驗高中，該地最早原本係前縣長呂秀蓮規劃之自貿港區，後來變為航空城客貨運園區，因此，縣政府當時規劃在當地設置實驗高中，沒想到後來居民反對。
2014年桃園升格為直轄市，大園區市議員向桃園市政府建言，強調桃園青埔設置原住民實驗高中，會有「標籤化」問題，認為「前朝錯誤政策不該延續」，「不該把族群區隔開來」；在當地居民反對下，桃園市長鄭文燦也從善如流，平地高中部分改採原住民專班規劃，桃園青埔則轉而爭取國家級原住民族文創中心，也將與原民台進駐航空城機捷A17領航站，將提供原民文創工藝的展覽、典藏和販賣，隔壁的桃園流行音樂劇場完成後，也可在該處舉辦豐年祭。
根據「審計年報」，桃園市政府不僅在原住民實驗高中大園校區態度反覆，即使是復興鄉羅浮校區的規劃，也有諸多延宕。羅浮校區未來將整併羅浮國小、介壽國中，並招收日語、餐飲、觀光等職業類科。
不過，審計部指出，桃園市政府未妥為評估有利於原住民學生之地點，又於內政部同意都市計畫使用分區變更為高中用途後，仍未積極重啟設校作業，未審慎進行環境分析，延誤用地變更；又未依規定研擬中長程公共建設計畫報請審議及核定，未公開前期廠商之規劃成果，即同意該廠商參與設計監造採購案之投標，影響政府採購公正，導致設校推動期程長達6年，預定110年8月才能對外招生，已逾原定招生期程2年。
原住民族大學 恐成空中樓閣
桃園原住民實驗高中在推動過程，竟然僅因當地居民擔心「標籤化」，整個計畫就草草收場，新版《原教法》未來倡議的「原住民族大學」，未來的命運，也同空中樓閣。
原民會副主委鍾興華表示，原民會目前正在研議《原住民族學校法》草案，其中，針對原住民族大學部分，去年已委託東華大學民族學院，進行可行性評估，東華最近會完成期末報告。
然而，對於長期沒錢、沒資源的原民會來說，原住民族大學就像原住民實驗高中一樣，未來在執行上，仍必須多多仰賴教育部預算的挹注。目前全國28個實驗學校，包括原住民實驗學校在內，都是歸教育部管轄，教育部未來能否依據《原教法》，落實憲法保障原住民族的民族教育權，目前看來還是很大問號。
