新政府需要磨合期，林全看似沒做錯什麼大事，但賞味期卻倏忽已過；從行政院副祕書長人事異動，即可嗅出不尋常的味道。
六月二十四日，總統府網站上發布一紙總統令，「行政院副祕書長施克和另有任用，應予免職；任命何佩珊為行政院副祕書長。」表面上，這是民進黨立法院黨團總召柯建銘核心幕僚何佩珊轉換跑道的人事公告。事實上，在總統令的背後，則是為「搶救閣揆林全大作戰」，揭開序幕。
政院高層拍板的核一廠一號機重啟計畫，在尚未與立法院充分溝通下，貿然從林全口中說出，執政黨立委強力圍剿；原本是假議題的東西向快速道路收費，硬是被媒體刻意操作，政院不僅不思應變，還與尚未和立委取得共識的端午連假夜間收費，湊在一起，引發立委眾怒；五二○新政府一上台，綠委一再提議，行政院對於先前國民黨內閣送到立法院的提案，應予以撤案，卻無人聞問，氣得立委大罵，還因此反被國民黨立委黃昭順趁機藉著陸配公民權年限，掐住民進黨，讓綠委跳腳，政院卻不知事態嚴重。
執政後，黨中央把在大選期間建立的各種溝通機制，移植到總統府，照常運作，但移轉到政院，竟是動彈不得。黨內人士歸納爭議原因，包括：
一是政院幕僚能量不足。不像總統府宛如「小英辦」，幕僚已有深厚默契，各就各位，領域也不像行政院包山包海，相形單純；行政院內，幾乎沒有政治幕僚，擔任過民進黨政策會首席副執行長的施克和，一向以政策為主，勉強算半個政治幕僚，功能性仍嫌不足。
幕僚能量不足
決策機制也不明
原先寄望行政院副院長林錫耀負責與綠營的溝通協調，但包括原是蘇貞昌文膽的辦公室主任黃致達，兩人對立法院運作與生態不夠熟悉，也不是積極任事型的左右手，沒有發揮應有的功能；至於發言人童振源，因先前未參與大選，對政策陌生，身邊更無黨內政治或政策幕僚襄助，難以擔綱政策說明及穿針引線的工作。而行政院祕書長辦公室主任林宜錦，原任職民進黨智庫，也不是政治幕僚出身，反而是熟稔行政業務的陳美伶，1個多月來，與施克和成為「（保）護林（全）」的唯二人士。
因此，已在柯建銘身邊歷練20年以上的何佩珊，挾其熟悉立院生態、法案攻防、政策內容，被視為林全的頭號救火員，將與專任院長辦公室主任的施克和，合作打通兩院任督二脈。
先天幕僚數量不足，後天又沒有辦法像府方一樣，有固定幕僚，有的負責輿情，有的負責立法院，有的負責文稿，有的負責政策，缺乏一組堅強的團隊負責林全大小事，讓林全備感辛苦。
其次是決策機制不明。五二○上任前，民進黨設有黨政協調會報，執政後則轉型成行政立法政策協調會報，分別由林錫耀和柯建銘主持，但林畢竟不是政策見長，使得他對政策溝通，顯得力不從心，而他職司對立法院溝通，以他對立院的熟悉度有限，恐怕也是事倍功半。
