五、高鐵局為求本案財務評估能順利獲行政院核定及預算審查獲立法院通過，漠視總顧問中興工程建議ME01標至少需290餘億元經費之意見，逕訂定預算金額為262億，過度壓縮工程建設經費，降低其他有捷運建設經驗廠商如西門子公司或法商亞斯通公司得標機會，致毫無捷運建設經驗之丸紅公司得標，核有違失。（何煖軒部份）
六、高鐵局辦理機場捷運招標及履約作業時，對於限制機電系統型式等涉及政策之重大事項，均未簽報交通部核定；高鐵局前局長何煖軒對於前政務次長周禮良開放機電系統之建議，竟指示政風單位將之列入請託關說紀錄；且不採臺北市政府捷運工程局應開放機電系統型式之建議，執意將ME01標限於鋼軌鋼輪系統，不允許投標廠商提出替代方案，衍生機場捷運在長陡坡行車安全性之質疑，均核有違失。（何煖軒部份）
七、高鐵局違反投標須知第48條規定，於專業分包廠商核定完成前即於95年1月12日與丸紅公司簽約，並急於撥付預付款25億餘元，嗣因工程會函釋「該簽約恐屬無效」，要求高鐵局「勿於確定簽約有效前，支付預付款及行使其他履約事項」，該局始暫緩執行預付款撥付作業，嗣該局又越過交通部路政司逕簽報次長決行撥付丸紅公司預付款，有違常理，核有重大違失。（何煖軒、吳福祥部份）
八、高鐵局於招標準備作業時，明知投標廠商應限於具有捷運機電系統整合測試實績之系統供應商，且由總顧問中興工程進行商情調查，掌握具有該特定資格之廠商名單及相關工程實績，卻拒絕總顧問中興工程採選擇性招標之建議，亦不在上開符合資格之廠商中辦理資格預審，顯有重大違失。（何煖軒部份）
九、高鐵局違反評估結果，將業已公告閱覽中最重要之投標廠商實績要求，逕以「勘誤表」將「捷運」實績降為定義模糊之「軌道」實績，致使毫無捷運系統整合經驗之丸紅公司，得提出技術層次低之長途鐵路及輕軌實績得標。上開修改不符「公共工程招標文件公開閱覽制度實施要點」應簽報首長核定之規定，過程實屬可疑，況該「勘誤表」無人承認製作，高鐵局之招標作業實有重大異常。（何煖軒部份）
十、高鐵局違反捷運工程發包慣例，執意簡化資格標審查流程，未經評審委員實質審查即當日開標，草率認定投標廠商資格；嗣參與共同競標之西門子公司在規格標審查階段提出具體事證，指稱丸紅公司所提出之軌道實績，係分包予其他廠商履行而非自行承作，丸紅公司不具號誌設計及系統整合經驗等情，然該局未予查證即率予駁回，徵諸丸紅公司於行政訴訟中供稱高鐵局實早已知情分包情事並積極認可云云，益證上開駁回有重大違失。（何煖軒、吳福祥部份）
