根據疾管署統計資料，民國90至105年間有412例確診病例，每年台灣有二十到三十名確定病例，其中20歲以上成年人有393例，占95.3%；0-9歲兒童共5例，占1.2%，日本和南韓最近每年確定病例都少於十人，中國大陸每年至少有1700的病例，香港近三年也是比以前還多，而且都同樣年齡層也是偏高，因此就有人建議在成人接種日本腦炎疫苗，實際上是要全面檢討。
每年三到五月衛生署都會以豬體內日本腦炎抗體超過百分之五十來發佈日本腦炎即將流行．呼籲幼兒接種疫苗．不過這幾年發現日本腦炎確定病例為每十萬人口不到0.1，報告病例為每十萬人口約1.6，經由疫情調查發現日本腦炎患者已不像以前會死亡或留下嚴重後遺症。因此疾管局基於成人接種日本腦炎疫苗後，過敏副作用甚至休克比例較高．所以台灣疾管局並不鼓勵成人全面接種，台灣曾經做過25-41歲因抗體陽性率不及四成，是日本腦炎好侵犯的年齡層。
日本腦炎的病毒很少有變異，因此發展成疫苗是目前防治日本腦炎最好的方式之一，不過由於台灣目前是使用中山株的鼠腦所做的不活性的疫苗，因為製程也是很殘忍，疫苗的副作用率也是比較高，成人接種日本腦炎疫苗的政策應該要有各地區的生活方式和發病率、嚴重病例的比率、疫苗副作用頻率（嚴重型或全身型）與疫苗效果百分比來給醫師參考，以便提供民眾更多資訊，來提供個案的最佳預防方式，至於大規模補接種這是流行很廣泛時的作法，兩者不可混為一談。
幼兒接種日本腦炎疫苗的副作用，現在很少見，約1%會發燒，其他少見的神經性副作用，在台灣是幾十萬分之一（沒有公布的資料）。至於疫苗病毒株的選取也是一門學問，一九八八年以後發現接種北京株有些過敏性（蕁麻疹、血管性水腫）副作用，現在是使用中山株，此類副作用也減少很多。但抗體的持續時間是否比較差，不清楚，成人接種曰本腦炎疫苗的經驗，由美國和丹麥的資料，過敏性副作用（全身性蕁麻疹、血管性水腫）約萬分之20，反而小於18歲的小孩可能高到萬分之82。現在使用的疫苗純化技術較佳，而且有細胞培養的不活性疫苗和減毒的活性疫苗，但引起神經性副作用的疑慮。醫界仍未消除．目前醫界不贊成接種超過五劑，雖然引起神經性副作用的因果關連；目前仍未完全證實，有時間性的關連者約幾萬到幾十萬之一。日本以前是接種到15歲，總共是五劑，目前最後一劑接種到9至13歲，總共是四劑，而且是6到90個月才開始接種，南韓也是同樣的狀況到青少年打第四劑，目前台灣是上小學前打第四劑，為了能減少青年和青少年的日本腦炎，是否有需要改變第四劑的時間。
台灣曾在不同的地區成人抗體陽性率從台北縣的40%到硫球鄉的70%也大有差異。有些人雖然抗體測不高，不過在受感染後可能就曾有抗體的記憶作用馬上產生足夠的抗體對抗病毒。每個人的年齡。生活環境、工作型態、居住地區、居住時間．都不盡相同．要訂出大家一致的接種方式似乎不是那麼容易，由於要人和增幅動物豬和家蚊同時在環境才會有日本腦炎 ,因此香港沒有全面接種日本腦炎疫苗，靠的是減少養豬業和防蚊，日本腦炎疫苗有很多新的進步，而又從日本減少接種次數和延後在青少年接種，目前台灣應全面檢討日本腦炎疫苗接種政策。
＊作者為兒科醫師，曾任行政院衛生署防疫處科長
