本土化是李光耀非常重要的政策。他採取的是全面本土化，就是以新加坡的國家認同作為教育主軸，歷史跟語文都要以新加坡本地為主─上歷史課，一定要上新加坡的歷史，語文教材原則上以新加坡本地作家寫的文章為主，他認為必須這樣做，讓大家跟這個地方共存共榮，不然這個國家根本無從生存。
其實，李光耀承認新加坡在地理上是馬來亞的一部分，後來獨立成國家是因為政治的因素，所以沒有所謂的「新加坡華人」，或「新加坡馬來人」，或「新加坡印度人」，而是說大家都是新加坡人；這就跟台北是台灣的一部分，所有台北人都是台灣人的概念是一樣的。新加坡會被逐出馬來西亞，其中最大的原因就是李光耀當時認為馬來西亞是「馬來西亞人的馬來西亞」，他自認為是馬來西亞人，新加坡的所有人也都是馬來西亞人；可是馬來西亞國父東姑．阿布都拉曼（Tunku Abdul Rahman, 1903-1990）認為，馬來西亞應該是馬來人的馬來西亞，所以就把李光耀跟新加坡逐出去；有學者認為，如果新加坡繼續作為馬來西亞的一部分，李光耀很可能會當選馬來西亞總理，而這是東姑不願意看到的。
新加坡獨立之後，李光耀在各方面其實是採取「去中國化」的政策，絕對不能讓大家覺得這個地方是一個中國人的社會。新加坡的開國元勳拉惹勒南（Sinnathamby Rajaratnam），他是人民行動黨的三個創黨人之一，在一九六五年的時候就確立新加坡的種族策略是：第一，一定要消除新加坡華族強調的中華特質，以避免其他種族和鄰國視新加坡為中國海外勢力的延伸；第二，認定馬來族就是原住民，賦予馬來族原住民的身分，尊重馬來族的生存地位；第三，在憲法之前各族地位一律平等，確立新加坡為多元種族、多元文化和多元語言的國家；第四，透過經濟的蓬勃發展與成長，讓各族均蒙受其利；第五、行政、司法和官僚體系都應顧及種族的敏感性，不論種族背景，唯才晉用。另外，不以種族作為政黨的標準―在馬來西亞，原是以種族區分政黨，馬來人的政黨叫作巫統，華人組織了另外一個政黨叫作馬華公會，印度人有馬來人國大黨，但是李光耀認為這樣不行，所以要求新加坡不得以種族作為申請政黨的標準。
一九八九年，新加坡政府要求所有的組屋─新加坡公營的住宅，要採取種族比例分配，也就是新加坡不容許有像台灣的眷村或竹籬笆這樣的東西存在，不可以有單一種族聚集的情況出現。所以，新加坡政府依照人口比例規定每一棟公寓跟新社區的華族，每一棟公寓不得超過八十七％，每一個社區不得超過八十四％；馬來族，每一棟公寓不得超過二十五％，每一個社區不得超過二十二％；印度人跟其他種族的人，每一棟公寓不得超過十三％，每一個社區不得超過十％。組屋基本上是新加坡政府的公地，所以可以做這樣的限制。當然，在民主國家看來，這種規定匪夷所思，因為人民應該有居住的自由，但是李光耀認為，絕不允許形成單一種族聚集的區域，所以做了這樣的規定。
