總統蔡英文在第二次執政決策協調會議上對於行政院組織改造有了新的決策方向，包括三級機關首長適度放寬政務任用比例，以及兩階段部會精簡計畫。(風傳媒進階閱讀:「人事長建議 三級機關首長可採政務、常務雙軌制」)儘管政府在行政院組織改造上邁出了步伐，但所跨的幅度或可在大一些、在快一些；畢竟，這是一個結構性的沉痾。
重質不重量的二級部會機關
目前行政院轄下的二級機關共有33個部會，若與德國的14部，或是美國的15部相較，則顯得組織肥大、臃腫許多。因此，若想要打造出一支質而精的政府，那組織精簡便是一條必要之徑。
「委員會」型態的組織原本是肩負政策制定及統整的功能，但由於近年來不斷地遭到濫用，導致「部」及「委員會」的分際無法釐清。換言之，部分「委員會」居然包括屬於「部」的功能，意即指政策執行的能力及首長制的特色；例如農委會。農委會可視為管理第一級產業的部門，具備完整的產業政策論述基礎，同時主委具備直接指揮的作用，因此應升格為部。
另外，除了部會分際需要釐清，對於業務可相互兼併或性質重疊的委員會則要有重整的思維；例如僑委會或是客委會和原民會。前者因為與外交部業務結構類似，故可思考整併至外交部，以利資源最適化。而後兩者則因為組織任務皆在保護、發揚及處理特定族群的事務，因此可將其合併，並另於內政部底下成立族群事務署以替代客委會及原民會的存在主體性。
三級機關首長政務化有其必要性
在現行的政府架構下，由於各部會管轄內容龐雜，經常可以看見部會首長或是政務次長對於政策掌握度並不流暢，或是對於機關權責範圍熟捻度並不深入。
針對這個現象，若部分的三級機關首長任用政務官或可改善缺陷、發揮優勢，尤其是在培養具專業基礎的「通才」方面。而此方面可以由三個層次分別來解讀，第一、可以培養具相關實務經驗的政務人才，使得政務官不直接從政務次長銜接至部長，而是拉長自三級機關首長至政務次長再至部長的政治歷練過程；第二、增加政務官對政策脈絡的理解及該如何決策的施政能力；第三、打破長久以來官僚體系所積累的本位主義思考觀陋習。
重建文官體系的價值觀
或許有人擔憂將三級機關首長政務化後，將會危害到行政中立。不過實際上，三級機關首長政務化與行政中立的價值並無直接必然關係。換句話說，也許公務人員的行為符合我國的行政中立法的規範，但卻不必然能夠與學理上廣義的「行政中立」亦即指「行政系統中的事務官對於政治事務保持超然之地位」的意義畫上等號。相關的例子可用某署長級官員曾請假參與縣長選舉的例子一窺究竟。
有鑑於此，對於行政中立的法制面規範要有更加嚴格地限制，像是針對高級文官如欲參選則須辭職，以維護行政中立的核心信念及避免文官體系遭到政治力的不當干擾。
此外，我國政治運作中，常可見事務官對政策下指導方針或是替政策辯護，使政務官的角色遭致隱形化。因此，對於文官的角色定位應有新的詮釋：對內，文官可參與政策制定過程（提供專業意見）；對外，並不負責施政決策及替政策辯護，僅負責政策執行；此乃歸因於文官並不負政治責任。
行政院組織改造先從精簡二級部會機關著手，以利使整體規模縮減；其次探討在我國政黨政治的生態下，政務人才的向下紮根培養；最後在討論文官體系的價值觀重建，所指涉的是政務官及事務官皆能各回其原本的軌道上運作並且確保文官能夠具體實踐行政中立的核心意涵。若順此改革脈絡下來，進行系統性的變革，則可使政府改造大有可為。
行政院組織改造的列車已啟動數十年，儘管一路上曾經好幾度停駛，但對於前往終點站－小而美式的政府體系，應堅信改革曙光將會再現，照亮這列車前方的路線。
＊作者淡大公共行政系學士生
