2008年國民黨執政並掌握立法多數的時期，黨團協商的扭曲與過度濫用，已成為立法院運作與改革的最大障礙；任由少數把持議事，也完全悖離民主多數決與責任政治的基本原則。協商制度幾經修改，在議長主導運作下，對於化解爭議議案毫無作用，反成牢不可破的負面結構，確有改革之必要。
（二）現在的問題：國會議長的偏頗，更助長多數黨的強勢
馬政府執政時期，立法院協商制度的問題在於少數利用此機制，阻礙立法程序，混淆責任政治。但現在民進黨執政，問題性質卻又不同。
身為國會多數的民進黨對於貫徹多數意志的態度反較國民黨更為積極強烈，在國會議長對協商態度消極，並完全偏向執政黨的情況下，黨團協商只產生程序上暫時拖延的效果，少數的國民黨與時代力量根本無法透過此機制爭取到絲毫的妥協，更遑論牽制多數黨。
雖然民進黨在選舉時主張國會議長中立，立法院長在表面上也不參與政黨活動，但我們看到蘇院長在處理幾件政治爭議法案的過程中，偏袒執政多數情形屢見不鮮，例如在處理不當黨產處理條例的過程中，明知在野準備利用合法程序杯葛，卻不願站在國會議長的高度積極化解，放任火車對撞，導致沉長的程序累垮議事人員。在一例一休委員會程序的爭議上，議長也宛如隱形人般消失，放任民進黨大黨鞭強勢主導，最後甚至認為問題出在人身上，而非制度。在學生衝入民進黨總召辦公室要求辯論時，更是一反過去太陽花時的立場而希望院會通過對學生的譴責決議。
由此而觀，協商制度的調整，與主持協商的議長之角色，有密切之關係。時代力量的國會改革方案，如果只聚焦在協商制度本身，恐無法解決當前立法院真正的問題。當然我們知道時代力量也提出國會議長的改革方案，但是如果不能配套一起包裹推動，最後被切割處理，則其協商制度的改革方案，只會讓已經弱勢的小黨更為弱勢。
（三）協商制度權力的限縮，未必表示委員會中心主義即能建立
委員會中心主義的建立，固然與黨團協商制度密切相關，協商制度越強，則越導向院會中心主義與弱化委員會的專業性。但是此消未必導致彼長，也就是說黨團協商制度的功能儘管受到限縮，但委員會中心主義卻未必能夠隨之建立，或至少以目前情況而言根本難以立即建立。
因為委員會中心主義有自己成就的條件，包括委員的專業性、資深制、單一召委等。如果現在委員會的召委是由黨來協商安排，並完全聽命於黨鞭的指揮，在專業問題上政黨不是聽從該委員會同黨召委或資深委員的意見為主，反而是其他人，甚至黨部高層的意志，這種模式很難被認為是真正的委員會中心主義。尤其當委員會採複數召委時，不同召委立場有時南轅北轍，爭議法案互爭主導權之例屢見不鮮，導致委員會的自我分裂。如果委員會自己都難以形成共識，還需要透過委員會以外的協商機制尋求共識，那委員會如何能成為立法過程的中心？大家又怎會尊重委員會的審查意見?
